No Neon Genesis Evangelion New Theatrical Version (também conhecido como Rebuild of Evangelion), Kaworu desempenha um papel um pouco maior. Ele aparece pela primeira vez perto do final do 1.0: Está (não) sozinho, acordando em um caixão na lua. Depois ele se levanta e olha para a terra, comentando que "o Terceiro não mudou", e que está ansioso para conhecê-lo (Shinji Ikari).
Em 2.0: Você pode (não) avançar, Gendo Ikari e Kozo Fuyutsuki visitam a base da lua de Seele para observar a construção da Unidade 06, e ver Kaworu sentado no topo do dedo da Unidade 06, usando apenas calças. Kaworu parece se dirigir a Gendo como "Pai", embora não se saiba se ele se referia a isso literal ou metaforicamente. Kaworu também é visto brevemente vestindo uma roupa de plug, ainda na lua, enquanto Mari Illustrious Makinami se prepara para lutar contra Zeruel no Geofront. Sua última aparição no 2.0 está no final do filme, após o lançamento dos créditos. O que presumivelmente é uma Lança de Longinus é lançado na direção da terra e acaba empalando a Unidade 01, interrompendo o Terceiro Impacto. Kaworu é então visto descendo em direção à terra na Unidade 06, com um olhar incaracteristicamente raivoso em seu rosto. Ele promete que desta vez, ele vai trazer felicidade a Shinji.
No próximo filme, 3.0: Você pode (não) refazer, Kaworu tem um papel muito maior. Como Asuka e Shinji na Unidade 01 caem na terra, Kaworu diz que tem estado esperando por Shinji. Ele é visto em seguida tocando piano na sede da Nerv, depois que Shinji é levado para lá pela Unidade 00. O pai de Shinji informa mais tarde a Shinji que ele deve co-pilotar uma nova unidade de Evangelion, Unidade 13, ao lado de Kaworu (não dizendo o nome de Kaworu). Kaworu então chama Shinji, e pede que ele toque piano. Ele está hesitante no início, mas com a orientação de Kaworu, os dois são capazes de tocar um dueto juntos de forma bela e silenciosa, apesar da alegação de Shinji de que ele não conseguiria tocar. Kaworu se apresenta e lhe diz que ambos são crianças ligadas pelo destino. Kaworu e Shinji continuam a tocar piano juntos (o que indiretamente os ajuda a sincronizar para ativar a Unidade 13 juntos mais tarde), e vêm se ver como amigos, Kaworu comentando que ele "realmente nasceu para conhecê-lo" - uma citação quase exata de seu papel na série original. Quando Shinji expressa seu medo do que aconteceu nos 14 anos em que se foi, Kaworu mostra-lhe a destruição do Quase Terceiro Impacto, enfatizando que tudo isso foi provocado por Shinji, mas também assegurando-lhe que "há sempre esperança" e depois dizendo a Shinji que juntos, eles podem consertar tudo com as duas lanças do Central Dogma.
Antes de pilotar a Unidade 13, Kaworu remove o estrangulador DSS do pescoço de Shinji e o coloca por conta própria para que Shinji não tenha que temer a morte enquanto ativam a Unidade 13. Após descer ao Dogma Central a fim de recuperar as lanças, entretanto, Kaworu percebe que algo está errado. Ele exorta Shinji a não pegar as lanças, mas Shinji desliga seus controles e as retira de qualquer forma. Pouco depois disso, o Quarto Impacto começa e a Unidade 13 desperta. O estrangulador DSS começa a ser ativado e Shinji é levado ao desespero com o conhecimento de que ele causou o Quarto Impacto e que Kaworu, talvez seu único amigo neste momento, está prestes a morrer.
Apesar de tudo, Kaworu afirma que foi ele quem desencadeou o Quarto Impacto, porque ele se tornou o 13º Anjo. Antes de morrer, Kaworu pede desculpas a Shinji por não ter sido capaz de lhe trazer felicidade e promete que eles se encontrarão novamente. O colarinho então detona, deixando Shinji quase em coma, semelhante ao seu estado no início do Fim da Evangelização.
