Em 2008, existiam 87 universidades nacionais (国立大学, kokuritsu daigaku), 89 universidades públicas, e 580 universidades privadas no Japão. As universidades nacionais tendem a ter uma boa reputação no ensino superior no Japão. São frequentemente mais difíceis de entrar do que as universidades privadas ou públicas.
Em 2004, o sistema universitário nacional mudou. As universidades nacionais já não eram completamente públicas e mais privadas. Desde 2004, cada universidade nacional tornou-se um tipo especial de corporação. São chamadas "corporações universitárias nacionais" (国立大学法人, kokuritsu daigaku hōjin). Agora têm mais liberdade e menos controlo por parte do governo. A faculdade e o pessoal já não são funcionários do governo (国家公務員, kokka kōmuin), e não trabalham para o Ministério da Educação, Cultura, Desporto, Ciência e Tecnologia.
Esta é uma lista completa das universidades nacionais japonesas:
- Universidade de Educação de Aichi
- Universidade de Akita
- Universidade de Medicina de Asahikawa
- Universidade de Chiba
- Universidade de Ehime
- Universidade de Educação de Fukuoka
- Universidade de Fukushima
- Universidade de Gifu
- A Universidade de Pós-Graduação para Estudos Avançados
- Universidade de Gunma
- Faculdade de Medicina da Universidade de Hamamatsu
- Universidade de Hirosaki
- Universidade de Hiroshima
- Universidade Hitotsubashi (antigo Colégio de Comércio de Tóquio)
- Universidade de Hokkaido (antiga Universidade Imperial de Hokkaido)
- Universidade de Educação de Hokkaido
- Universidade Hyogo de Formação de Professores
- Universidade de Ibaraki
- Universidade de Iwate
- Instituto Avançado de Ciência e Tecnologia do Japão
- Universidade de Educação de Joetsu
- Universidade de Kagawa
- Universidade de Kagoshima
- Universidade de Kanazawa
- Instituto de Tecnologia Kitami
- Universidade de Kobe
- Universidade de Kochi
- Universidade de Kumamoto
- Instituto de Tecnologia de Quioto
- Universidade de Quioto (antiga Universidade Imperial de Quioto)
- Universidade de Educação de Quioto
- Instituto Kyushu de Tecnologia
- Universidade de Kyushu (antiga Universidade Imperial de Kyushu)
- Universidade de Mie
- Universidade de Educação de Miyagi
- Instituto Murorano de Tecnologia
- Universidade de Tecnologia de Nagaoka
- Universidade de Nagasaki
- Instituto de Tecnologia de Nagoya
- Universidade de Nagoya (antiga Universidade Imperial de Nagoya)
- Instituto de Ciência e Tecnologia de Nara
- Universidade de Educação de Nara
- Universidade Feminina de Nara
- Universidade de Educação de Naruto
- Instituto Nacional de Pós-Graduação em Estudos Políticos
- Instituto Nacional de Aptidão Física e Desporto em Kanoya
- Universidade de Niigata
- Universidade de Agricultura e Medicina Veterinária de Obihiro
- Universidade de Ochanomizu
- Universidade de Oita
- Universidade de Okayama
- Universidade de Osaka Kyoiku
- Universidade de Osaka (antiga Universidade Imperial de Osaka)
- Universidade de Comércio de Otaru
- Universidade Saga
- Universidade de Saitama
- Universidade de Shiga
- Universidade de Ciências Médicas de Shiga
- Universidade de Shimane
- Universidade de Shinshu
- Universidade de Shizuoka
- Universidade de Tohoku (antiga Universidade Imperial de Tohoku)
- Universidade Gakugei de Tóquio
- Instituto de Tecnologia de Tóquio
- Universidade Médica e Dentária de Tóquio
- Universidade de Agricultura e Tecnologia de Tóquio
- Universidade de Estudos Estrangeiros de Tóquio
- Universidade de Ciência e Tecnologia Marinhas de Tóquio
- Universidade Nacional de Belas Artes e Música de Tóquio
- Universidade de Tottori
- Universidade de Tecnologia de Toyohashi
- Universidade de Tecnologia de Tsukuba
- Universidade de Electro-Comunicações
- Universidade de Fukui
- Universidade de Miyazaki
- Universidade de Ryukyus
- Universidade de Tokushima
- A Universidade de Tóquio (antiga Universidade Imperial de Tóquio)
- Universidade de Toyama
- Universidade de Tsukuba
- Universidade de Yamanashi
- Universidade de Utsunomiya
- Universidade de Wakayama
- Universidade de Yamagata
- Universidade de Yamaguchi
- Universidade Nacional de Yokohama
O Governo do Japão iniciou a The Open University of Japan e o Instituto de Ciência e Tecnologia de Okinawa. Também os apoia com dinheiro. No entanto, estas duas universidades não são universidades nacionais; são universidades privadas.