As primeiras pessoas no Japão foram o povo Ainu e outras Jōmon pessoas. Eles estavam mais próximos dos europeus ou árabes. Mais tarde foram conquistados e substituídos pelo povo Yayoi (japoneses e Ryukyuans). Os Yayoi eram um antigo grupo étnico que migrou para o arquipélago japonês principalmente do sudeste da China durante o período Yayoi (300 BCE-300 CE). Os japoneses modernos têm principalmente ascendência iayoi a uma média de 97%. Os povos indígenas Ryukyuan e Ainu, por outro lado, têm mais Jōmon ascendência.
Os registros mais antigos sobre o Japão são de documentos chineses. Um desses registros dizia que havia muitos países pequenos (no Japão) que tinham guerras entre eles e mais tarde um país, governado por uma rainha, tornou-se o mais forte, unificou outros e trouxe a paz.
Os japoneses começaram a escrever sua própria história após os séculos V e VI, quando pessoas da Coréia e da China ensinaram ao Japão sobre o sistema de escrita chinês. Os vizinhos do Japão também lhes ensinaram o budismo. Os japoneses mudaram o budismo de muitas maneiras. Por exemplo, os budistas japoneses usaram mais idéias como o Zen do que outros budistas.
O Japão teve algum contato com os europeus no século XVI. Os portugueses foram os primeiros europeus a visitar o Japão. Mais tarde, os espanhóis, ingleses e holandeses vieram ao Japão para negociar. Além disso, eles trouxeram o cristianismo. Os líderes do Japão os receberam no início, mas como os europeus haviam conquistado muitos lugares no mundo, os japoneses tinham medo de conquistar o Japão também. Assim, os japoneses não deixaram mais os europeus entrarem no Japão, exceto em uma pequena área da cidade de Nagasaki. Muitos cristãos foram mortos. Somente os chineses, coreanos e holandeses foram autorizados a visitar o Japão, no final, e eles estavam sob controle cuidadoso do governo japonês. O Japão foi novamente aberto aos visitantes em 1854 pelo Comodoro Matthew Perry, quando os americanos queriam usar os portos japoneses para barcos baleeiros americanos. Perry trouxe navios a vapor com armas de fogo, o que assustou os japoneses para fazer um acordo com ele.
Este novo contato com europeus e americanos mudou a cultura japonesa. A Restauração Meiji de 1868 parou alguns caminhos antigos e acrescentou muitos outros novos. O Império do Japão foi criado e se tornou uma nação muito poderosa e tentou invadir os países próximos a ele. Ele invadiu e anexou o Reino Ryukyu, Taiwan e Coréia. Teve guerras com a China e a Rússia: a Primeira Guerra Sino-Japonesa, a Rebelião Boxer, a Guerra Russo-Japonesa e a Segunda Guerra Sino-Japonesa, que cresceu para se tornar parte da Segunda Guerra Mundial quando o Japão se tornou aliado da Alemanha nazista e da Itália fascista.
Em 1941, o Japão atacou Pearl Harbor, no Havaí, uma base aquática dos Estados Unidos, e destruiu ou danificou muitos navios e aviões. Isto iniciou o envolvimento dos Estados Unidos na Segunda Guerra Mundial. As forças americanas e japonesas lutaram uma contra a outra no Pacífico. Uma vez estabelecidas as bases aéreas ao alcance do continente japonês, a América começou a vencer, e começou a lançar bombas sobre cidades japonesas. Os Estados Unidos conseguiram bombardear a maioria das cidades importantes e rapidamente aproximaram o Japão da derrota. Para fazer o Japão se render, os Estados Unidos lançaram duas bombas atômicas sobre as cidades de Hiroshima e Nagasaki, matando 150.000 cidadãos japoneses. Logo depois disso, a União Soviética começou a lutar contra o Japão, e o exército japonês na Manchúria perdeu. O Japão se rendeu e desistiu de todos os lugares que tomou de outros países, aceitando a Proclamação de Potsdam. Os Estados Unidos ocuparam o Japão e o forçaram a escrever uma nova constituição, na qual prometia nunca mais entrar em guerra.