1457-1869
Tóquio começou como uma pequena vila de pescadores chamada Edo. Edo ficava na antiga província de Musashi.
O clã Edo construiu muros para proteger a cidade no final do século XII. Em 1457, Ōta Dōkan construiu o Castelo de Edo. Em 1590, Tokugawa Ieyasu fez de Edo sua base. Ele tornou-se xogum em 1603, e a cidade tornou-se o centro de seu governo militar. Isto marcou o início do período Edo. Durante este período, Edo cresceu e se tornou uma das maiores cidades do mundo. Mais de um milhão de pessoas viviam lá no século XVIII.
Edo não era a capital do Japão. O imperador vivia na capital, Kyoto. No entanto, como o xogum era mais poderoso que o imperador ao longo da história japonesa, Edo tinha mais poder. Após cerca de 263 anos, a RestauraçãoMeiji removeu o xogum do poder. Em 1869, o Imperador Meiji, de 17 anos, mudou-se para Edo. O antigo Castelo de Edo tornou-se o Palácio Imperial.
1869-1943
A Prefeitura de Tóquio e a cidade de Tóquio foram estabelecidas. Esta foi a cidade capital até 1943.
1943-presente
Em 1943, a Cidade de Tóquio e os "municípios associados do que foi a antiga Prefeitura de Tóquio (東京府, Tōkyō-fu) (1869-1943)" se uniram em um só.
O centro de Tóquio é construído em torno das principais estações ferroviárias. As ferrovias suburbanas foram construídas a um preço relativamente baixo a nível de rua. Há algumas vias expressas.
Tóquio sofreu duas grandes catástrofes no século XX. O grande terremoto de 1923 Kantō deixou 140.000 mortos ou desaparecidos. A Segunda Guerra Mundial foi o outro desastre para a cidade. A Bomba de Tóquio de 1944 a 1945 matou entre 75.000 e 200.000 pessoas e destruiu metade da cidade. Isto foi quase tanto dano quanto as bombas atômicas de Hiroshima e Nagasaki juntas.
Tóquio foi completamente reconstruída após a guerra. As Olimpíadas de Verão de 1964 foram um grande evento mundial. Novos desenvolvimentos em alta como o Sunshine 60 começaram nos anos 70.