Manafort está sob investigação de vários órgãos federais. O Federal Bureau of Investigation (FBI) tem tido uma investigação criminal ativa sobre ele desde 2014 em relação a transações comerciais na Ucrânia. Ele também é uma pessoa de interesse na sonda de contra-espionagem do FBI que está investigando a interferência russa nas eleições de 2016 nos Estados Unidos, liderada por Robert Mueller.
Prisão
Em 30 de outubro de 2017, Manafort se rendeu ao FBI após a divulgação da notícia de que um grande júri federal o havia indiciado. Eles acusaram Manafort de conspiração contra os Estados Unidos, conspiração para lavar dinheiro, não apresentação de relatórios de contas bancárias e financeiras estrangeiras, ser um agente não registrado do principal estrangeiro, declarações falsas e enganosas das FARA e falsas declarações.
Em 15 de junho de 2018, a fiança de Manafort foi revogada e ele foi enviado para a cadeia devido a acusações de obstrução à justiça e de adulteração de testemunhas que supostamente ocorreram enquanto ele estava sob prisão domiciliar. Ele se declarou inocente dessas acusações adicionais e, a partir de junho de 2018, está atualmente aguardando julgamento.
Convicção
Na terça-feira, 21 de agosto de 2018, a Manafort foi condenada por cinco acusações de fraude fiscal, duas acusações de fraude bancária e uma acusação de não comunicação de contas bancárias estrangeiras. No total, o júri condenou Manafort em 8 das 18 acusações contra ele e disse que estava bloqueado nas outras 10 acusações (o Juiz Distrital dos EUA T. S. Ellis III declarou o julgamento anulado sobre essas acusações).
