Minnan-Wong entrou na política da cidade pela primeira vez em 1994. Isto foi quando um dos conselheiros de North York, Barry Burton, morreu de câncer. O conselho da cidade fez dele um vereador temporário. Depois disso, nas eleições realizadas no final daquele ano, ele foi eleito. Nas eleições de 1997, ele foi eleito para o novo conselho da cidade. Isto foi depois da amálgama de Toronto.
Em 2011, ele apoiou a terceirização da coleta de lixo. Seu plano era terceirizar a coleta de lixo na parte oeste de Toronto. Isso poupou ao governo de Toronto 12 milhões de dólares por ano. Ele também apoiou a inclusão de ciclovias nas ruas do centro de Toronto. Ele se opôs à criação de ciclovias antes de aprender a andar de bicicleta. Isto criou várias ciclovias no centro da cidade de Toronto. Depois disso, Minnan-Wong ajudou a fazer com que a Bixi, uma empresa de compartilhamento de bicicletas, fosse operada pela Autoridade de Estacionamento de Toronto. Isto se deu porque a Bixi estava endividada.
Em dezembro de 2010, a Câmara Municipal de Toronto o colocou no conselho de administração do TTC. Ele foi uma das cinco pessoas que votaram para demitir Gary Webster em 2012, que era o gerente geral do TTC. Após o incêndio de Webster, as cinco pessoas foram removidas do Conselho do TTC. Elas foram removidas porque muitos dos conselheiros não concordavam com Rob Ford. Em 2014 ele foi recolocado no Conselho do TTC depois que John Tory foi eleito prefeito.
Após a eleição provincial, Minnan-Wong concorreu novamente a vereador nas eleições municipais de 2018. Ele concorreu no novo Ward 16 Don Valley East. Antes das eleições de 2018, o Governo de Ontário reduziu o número de vereadores na Câmara Municipal de Toronto. Ele derrotou um ex-político, David Caplan.
Em 2014, John Tory fez dele um dos vice-prefeitos de Toronto.
