Sancho VI herdou um reino debilitado, objeto de freqüentes ataques do Reino de Castela de Alfonso VII e do Condado de Barcelona de Ramón Berenguer IV, também rei de Aragão, que em 1140 havia concordado com a divisão do reino no Tratado de Carrión.
Ele tentou reparar as fronteiras de seu reino, que haviam sido reduzidas pelos Tratados de Tudején e Carrión, que ele havia sido forçado a assinar com Castela e Aragão em seu reinado inicial. Pelo Acordo de Soria, Castilla acabou sendo confirmada em sua posse de territórios conquistados. Diante de uma possível aquisição militar castelhana de territórios mais ocidentais da Navarra, Sancho VI reafirmou a autoridade real ao fundar várias cidades em 1181, incluindo San Sebastián, Vitoria e Treviño, entre outras.
Ele era hostil ao Conde Raymond Berengar IV de Barcelona, mas o filho de Raymond, o rei Alfonso II de Aragão, dividiu com ele as terras tiradas de Múrcia por tratado de Sangüesa em 1168. Em 1190, os dois vizinhos assinaram novamente um pacto em Borja de proteção mútua contra a expansão castelhana.
Ele morreu em 27 de junho de 1194, em Pamplona, onde está enterrado.
