Em 2002, os proprietários do clube decidiram que queriam mudar o clube para fora de Londres. Ninguém sabe realmente porque eles queriam se mudar. Disseram que havia muitos clubes em Londres, que não vinham pessoas suficientes para assistir aos jogos. Isto significava que eles não recolhiam dinheiro suficiente no portão para pagar a todos e é por isso que eles não podiam ficar. Eles olharam para Cardiff e Dublin antes de decidir se mudar para Milton Keynes. Milton Keynes é uma nova cidade que fica a 45 milhas (ou 75 quilômetros) ao norte de Londres. Quando disseram o que queriam fazer, a maioria de seus fãs deixou de pagar para ver partidas, o que significava que eles tinham ainda menos dinheiro para pagar a todos.
Antes que a mudança pudesse acontecer, eles tinham que obter permissão da Associação de Futebol (FA). A FA é a associação de todos os clubes de futebol da Inglaterra. Os clubes elegem um Comitê para decidir o que fazer em relação às coisas. A maioria das coisas que eles têm que decidir são fáceis, mas isto não foi fácil de decidir. Ou talvez eles soubessem o que decidir, mas não queriam ser eles a decidi-lo. Assim, pediram a três homens inteligentes para estudar o problema e dizer-lhes o que seria melhor fazer. Estes três homens disseram que o clube deveria ser autorizado a se mover.
Alguns membros do Comitê não gostaram desta decisão e tentaram impedi-la. Mas os proprietários de Wimbledon F.C. disseram que conseguiriam que um juiz decidisse (em um tribunal) se alguém tentasse detê-los. Custa muito dinheiro ir ao tribunal e quem perder tem que pagar por todos. Os outros clubes não concordariam em pagar se isso acontecesse, então a FA teve que discordar da decisão.
Mas já era tarde demais para os proprietários de Wimbledon F.C. Eles não tinham mais dinheiro. Eles tinham pedido dinheiro emprestado ao banco para continuar, mas agora o banco queria seu dinheiro de volta. Quando não se pode pagar o que se pede emprestado, isto se chama "ir à falência" e foi o que aconteceu. Felizmente (ou não, depende do seu ponto de vista), o grupo de Milton Keynes que primeiro queria que eles viessem, ainda os queria. Assim, este grupo pagou parte do dinheiro e em 2002, o clube se mudou para Milton Keynes. Eles começaram a jogar no Estádio Nacional de Hóquei, ao lado da estação ferroviária Milton Keynes Central e permaneceram lá por dois anos até que seu novo estádio estivesse pronto (2006).
Muitos torcedores de futebol da Inglaterra não gostaram da idéia de que um clube pudesse se mudar. Eles acreditam que um clube pertence a uma cidade e não é como uma loja de móveis que fecha em uma cidade e abre em outra cidade. Outra razão pela qual eles não gostaram é que gostariam de ver seu próprio clube entrar na Liga de Futebol. A única maneira que eles podem fazer isso é se ganharem sua liga regional, então ganhar a Conferência de Futebol. Assim, eles sentiram que Milton Keynes estava "pulando a fila" para entrar na Liga. Por causa disso, muitos torcedores se recusaram a participar ("boicotaram") de quaisquer jogos que jogaram.