De 1826 a 1840 a Knox dirigiu a escola de anatomia Barclay em Surgeon's Square, Edimburgo. Ele era o conferencista mais popular sobre anatomia na Escócia, mas sua classe estava sempre com falta de corpos para dissecar.
Antes da Lei de Anatomia de 1832 alargar o fornecimento, o único fornecimento legal de cadáveres para fins anatômicos no Reino Unido eram aqueles condenados à morte e dissecação pelos tribunais. Isto levou a uma escassez de sujeitos legítimos para a dissecação. A escassez se tornou mais grave à medida que a necessidade de treinar estudantes de medicina cresceu, e o número de execuções caiu.
Em sua escola, Knox enfrentou o problema desde o início, pois - depois de 1815 - as Royal Colleges tinham aumentado o estudo da anatomia no currículo médico. Se ele ensinasse de acordo com o que era conhecido como "método francês", a proporção teria que se aproximar de um cadáver por aluno. Como conseqüência, o roubo do corpo tornou-se tão comum que não era raro que parentes e amigos de alguém que tinha acabado de morrer vigiassem o corpo antes e depois do enterro, para impedir que ele fosse levado.
Em novembro de 1827, William Hare começou uma nova carreira quando um hóspede endividado morreu com ele por acaso. Ele recebeu £7,10/- (sete libras e dez xelins) por entregar o corpo ao Knox. Agora Burke e seu cúmplice Hare se dedicavam a assassinar vagabundos e bêbados com regularidade. Após mais 16 transações, no que ficou conhecido como West Port Murders, em 2 de novembro de 1828 Burke e Hare foram pegos. A cidade inteira foi assolada pelo horror, alimentada por baladas, bocas largas e jornais, pelos terríveis feitos de Burke & Hare. Hare virou prova do Rei, e Burke foi enforcado, dissecado e exposto.
Burke é o açougueiro, Hare é o ladrão,
Knox, o garoto que compra a carne!
O Knox não foi processado, o que ultrajou muitos em Edimburgo. Sua casa foi atacada por uma multidão, e as janelas foram quebradas. Um comitê da Sociedade Real de Edimburgo o inocentou da culpa, mas não houve como esquecer sua parte no caso, e muitos estavam desconfiados dele.
