O livro tem duas partes. A primeira parte é chamada "Ishi, o Yahi". Ele conta sobre a história e a cultura do povo Yahi. A segunda parte é chamada de "Mister Ishi". Ele conta sobre sua vida no museu.
A primeira parte começa com a história da Califórnia antes da colonização européia. Kroeber escreve que embora houvesse poucos Yahi, eles já ocuparam uma grande parte do Vale do Sacramento. Outros povos nativos americanos, mais numerosos, provavelmente empurraram os Yahi para as montanhas. A primeira parte também descreve a língua Yahi e a paisagem onde eles viviam perto do Monte Lassen.
Vários capítulos da primeira seção são sobre a destruição do Yahi pelos colonos brancos. A segunda parte do livro começa com uma história do museu em São Francisco, onde Ishi foi levado. Ele também conta como ele recebeu o nome Ishi. No museu, Alfred Kroeber e outros organizaram manifestações públicas semanais. Ishi normalmente demonstrava amarrando um arco, ou fazendo fogo com um simulacro de incêndio. Finalmente, os amigos de Ishi tinham que providenciar para que Ishi trabalhasse como zelador, para que a Universidade pagasse para apoiá-lo. Além de Kroeber, Waterman e Pope, Ishi tornou-se amigo de outros amigos nativos americanos dos antropólogos, como Juan Dolores, um índio Tohono O'odham. Ishi passou grande parte de seu tempo no museu fabricando ferramentas e armas. Ele também foi caçar com seus amigos. O último capítulo do livro conta que Ishi ficou doente com tuberculose no final de 1914, e sua morte por causa da doença logo depois.
