Johannes Peter Müller (14 de julho de 1801 - 28 de abril de 1858), era um fisiologista, anatomista comparativo, ictiólogo e herpetologista alemão. Em 1833 ele se tornou professor de fisiologia na Universidade de Berlim.

Na última parte de sua vida, ele se dedicou principalmente à anatomia comparativa. Peixes e invertebrados marinhos eram seus temas favoritos. Ele fez 19 viagens ao Báltico e ao Mar do Norte, ao Adriático e ao Mediterrâneo para investigar a vida em água salgada.

Ele é autor de um trabalho abrangente sobre a anatomia dos anfíbios, que em sua época incluía répteis. Ele também descreveu várias novas espécies de cobras.

Müller foi mentor de alguns fisiologistas e biólogos ilustres, incluindo Hermann von Helmholtz, Emil du Bois-Reymond, Theodor Schwann, Friedrich Gustav Jakob Henle, Carl Ludwig e Ernst Haeckel. Em 1834, ele foi eleito membro estrangeiro da Real Academia Sueca de Ciências. Ele recebeu a Medalha Copley da Royal Society em 1854.