Flamsteed também é lembrado por seus conflitos com Isaac Newton, o Presidente da Sociedade Real da época. Flamsteed se recusava a publicar trabalhos encomendados pelo rei, assim, em 1712 Newton e Edmond Halley publicaram uma versão preliminar da Historia Coelestis Britannica de Flamsteed. Eles o fizeram sem dar crédito ao autor.
Alguns anos depois, Flamsteed conseguiu comprar muitos exemplares do livro, e os queimou publicamente em frente ao Observatório Real. Entretanto, as designações numéricas de estrelas deste livro ainda são usadas e são conhecidas como Flamsteed.
Em 1725 Flamsteed publicou postumamente a própria versão da Historia Coelestis Britannica, editada por sua esposa Margaret. Esta continha as observações de Flamsteed, e incluía um catálogo de 2.935 estrelas com muito mais precisão do que qualquer trabalho anterior. Esta foi considerada a primeira contribuição significativa do Observatório Greenwich. Em 1729 sua esposa publicou seu Atlas Coelestis, assistida por Joseph Crosthwait e Abraham Sharp, que foram responsáveis pela parte técnica.