Início da carreira (1995-2000)
Quatro meses após sua estréia profissional, Hunter alcançou a segunda rodada do Campeonato Britânico de 1995 ao derrotar o número seis do mundo, Alan McManus 9-4. No Aberto do País de Gales de 1996, ele alcançou a semifinal derrotando o campeão mundial Stephen Hendry nos últimos 16 anos. No mesmo ano ele chegou às quartas de final do Campeonato Britânico, onde derrotou Willie Thorne por 9-0, James Wattana por 9-5 e Terry Murphy por 9-7, antes de perder por 5-9 para Hendry, que foi o vencedor do evento. Hunter jogou no Masters de 1997, onde ele perdeu por 1-5 contra Mark Williams na primeira rodada.
Hunter ganhou seu primeiro evento de classificação no Welsh Open 1998. Ele derrotou Paul Wykes 5-3, Neal Foulds 5-2, Steve Davis 5-3, Nigel Bond 5-4, Alan McManus 5-3 e Peter Ebdon 6-1, antes de John Higgins 9-5 na final. Durante a final, Hunter ficou 2-4, mas ganhou sete quadros dos oito seguintes para vencer a partida. Após o evento, ele chegou às semifinais do Campeonato do Reino Unido de 1998. No final do ano, ele foi nomeado o "jovem jogador do ano" da Associação de Escritores de Snooker.
Hunter se classificou pela primeira vez para jogar no Campeonato Mundial de Snooker em 1999, onde perdeu de 8 a 10 na primeira rodada para o vencedor Stephen Hendry. Ele terminou a 12ª temporada no ranking mundial de 1999-2000, resultando na qualificação automática para as etapas finais dos torneios do ranking pela primeira vez.
Ele chegou aos seis eventos das quartas-de-final na temporada seguinte. Ele foi vice-campeão no Welsh Open 2001, semi-finalista no British Open e no Scottish Open, e quarto-de-finalista no Grand Prix e no China Open.
Campeão dos mestres (2001-2004)
No Masters 2001, Hunter venceu Matthew Stevens 6-5 na primeira rodada, Peter Ebdon 6-3 nas quartas de final e Stephen Hendry 6-4 nas semifinais. Na final, Hunter encontrou Fergal O'Brien. Ele ficou atrás de 3-7, mas ganhou sete dos nove quadros seguintes para ganhar 10-9. Depois de ganhar, Hunter comentou que ele e sua namorada fizeram sexo entre as sessões quando perderam por 2-6 e o fizeram jogar melhor.
No evento do ano seguinte, ele também ganhou. Ele venceu Stephen Lee 6-3 na primeira rodada, Peter Ebdon 6-5 nas quartas de final e Alan McManus 6-5 nas semifinais, onde ele encontrou Mark Williams na final. Hunter perdeu todos os cinco primeiros jogos, mas venceu a partida por 10-9. Hunter foi apenas o terceiro jogador a manter o Masters junto com Cliff Thorburn e Stephen Hendry. Hunter também venceu seu segundo evento no ranking, ganhando o Welsh Open 2002, derrotando Ken Doherty por 9-2 na final, mas foi derrotado por 9-10 na primeira rodada do Campeonato Mundial de 2002 por Quinten Hann. Mais tarde, em 2002, Hunter venceu seu terceiro evento no ranking, o Open Britânico, derrotando Ian McCulloch por 9-4 na final. Como defensor do campeão Masters, Hunter chegou às semifinais do evento de 2003, mas perdeu por 3-6 para Mark Williams.
No Campeonato Mundial de Snooker de 2003, ele derrotou Allister Carter 10-5, Matthew Stevens 13-6 e Peter Ebdon 13-12 para chegar às semifinais. Em sua melhor das semifinais de-33 quadros, Hunter estabeleceu uma vantagem de 15-9 sobre Ken Doherty, porém só conseguiu ganhar um dos nove quadros seguintes e perdeu a partida de 16-17. A partida foi mostrada mais tarde como um "Crucible classic" na BBC durante as datas originais para o Campeonato Mundial de Snooker de 2020, quando o evento foi adiado. Apesar da perda, ele ganhou um lugar entre os oito melhores do mundo no ranking mundial de 2003-2004 pela primeira vez em sua carreira, tendo sido classificado como o número nove nas duas temporadas anteriores.
Em 2003-04, Hunter ganhou o Mestrado de 2004 pela terceira vez em quatro anos. Hunter ficou atrás de Ronnie O'Sullivan durante a partida 1-6, 2-7, 6-8 e 7-9 antes de ganhar os três quadros finais para vencer. Ele fez pausas de cinco séculos na partida. Hunter também chegou à final do Campeonato de Jogadores, mas perdeu por 7-9 contra Jimmy White. No evento da Premier League Snooker de 2004, ele fez a maior pausa de sua carreira, uma derrota de 3-5 para Marco Fu. Ele chegou à segunda rodada do Campeonato Mundial de Snooker de 2004, onde perdeu 12-13 contra Matthew Stevens, apesar de liderar tanto no 10-6 como no 12-10.
Hunter começou a temporada 2004-05, chegando às semifinais do Grande Prêmio, onde perdeu por 3-6 para Ronnie O'Sullivan. Ele então chegou às quartas de final do China Open 2005, poucos dias depois de descobrir que estava sofrendo de câncer. Sua posição de destaque em sua carreira foi a número quatro no mundo durante a temporada 2004-2005, que caiu para o número cinco na temporada seguinte.
Anos posteriores e doenças (2005-2006)
Em 6 de abril de 2005, Hunter anunciou que estava sofrendo de câncer. Hunter voltou ao snooker no início da temporada 2005-06, mas perdeu para Rory McLeod na primeira rodada do Grand Prix. A próxima partida de Hunter na temporada foi no Campeonato do Reino Unido contra Jamie Burnett, no qual Hunter estava 6-8 abaixo, mas venceu a partida 9-8. Apesar deste Hunter ter perdido na rodada seguinte 2-9 contra o eventual campeão Ding Junhui. Ele perdeu na primeira rodada do Campeonato Mundial de 2006 5-10 para Neil Robertson, sua última partida de sempre.
Ele passou do 5º para o 34º lugar no ranking de 2006/2007. Hunter admitiu que ele estava pior do que no ano anterior e confirmou que estava em contínua dor. Em 27 de julho de 2006, a WPBSA confirmou que, após o voto dos membros, as regras seriam alteradas para permitir que Hunter ficasse de fora durante toda a temporada 2006-2007, com seu ranking mundial congelado em 34º. Ele pretendia dedicar o ano ao tratamento de seu câncer.