Go-Daigo tornou-se imperador em 1318, quando tinha 30 anos de idade. Isto não era usual na época. Normalmente, os meninos pequenos eram tornados imperadores. Quando se tornaram homens adultos, eles foram para comunidades religiosas para homens, onde eles iriam estabelecer um governo e governar mesmo que permanecessem no mosteiro. Um novo rapaz da família imperial foi colocado no trono. Este sistema, com um menino no trono em público e um "antigo" imperador governando de um mosteiro, foi chamado de regra de clausura ou insei.
Go-Daigo queria governar o próprio Japão. O governo bakufu era fraco porque eles não tinham sido capazes de recompensar seus guerreiros. Quando os mongóis invadiram, os bakufu trouxeram um exército e os impediram de invadir. Mas a maneira usual de recompensar os guerreiros era dar-lhes as terras e o tesouro do inimigo derrotado. Como os mongóis eram invasores, eles não tinham terras para os xoguns darem a seus guerreiros. Isto tornava os guerreiros infelizes com os xoguns. Go-Daigo começou a criar calmamente um exército para derrotar os bakufu e assumir o controle do Japão, mas ele foi descoberto. O xogum o pegou e o aprisionou nas Ilhas Oki.
Os partidários de Go-Daigo lutaram por ele enquanto ele estava nas Ilhas Oki. Um dos generais do xogum, Ashikaga Takauji, mudou de lado. O lado de Go-Daigo venceu, e Go-Daigo governou. Sua regra é chamada de Restauração Kemmu.
Go-Daigo não recompensou Ashikaga Takauji com uma alta patente, apenas a patente de conselheiro. Ele também não recompensou muitos de seus outros apoiadores. Em 1335, Takauji declarou-se xogum e rebelde. Takauji e seu exército capturaram Kyoto e criaram um dos parentes de Go-Daigo como imperador lá. Go-Daigo fugiu de Kyoto e montou uma corte ao sul de Nara. A corte de Go-Daigo só governou as terras próximas. Assim, por muitos anos, houve dois homens que disseram ser o imperador do Japão.
