A história se passa a bordo do navio de guerra HMS Indomável em 1797 durante as Guerras Revolucionárias Francesas. Há um pequeno prólogo no início, e um epílogo no final, durante o qual o velho capitão está pensando sobre a história que aconteceu muitos anos antes. O resto da ópera conta essa história.
Prólogo
O Capitão Vere, um homem velho, está pensando em sua vida e em seu tempo na marinha. Ele pensa no que aconteceu com Billy Budd alguns anos antes, e se sente triste porque não foi capaz de salvá-lo.
Ato 1
A tripulação do Indomável está trabalhando no convés. Há um novo homem trabalhando lá (o Noviço). Ele escorrega e choca com um oficial. O noviço é cruelmente açoitado (espancado) por isso. Ao mesmo tempo, outro membro da tripulação vem com três novos homens jovens que foram pressionados (forçados) a vir trabalhar no navio. Um destes três homens é Billy Budd.
Billy Budd está muito feliz em seu novo emprego. Ele percebe como vai ser tratado de forma cruel. O homem encarregado da tripulação é Claggart. Ele é o Mestre em Arms, e é muito cruel. Ele diz que acha que Billy Budd é um belo jovem, embora tenha um gaguejo. Billy diz alegremente adeus ao navio no qual ele costumava trabalhar, chamado Direitos do Homem. Ele não vê a ironia no nome daquele navio (lá ele tinha pelo menos alguns direitos, mas agora ele deve ser maltratado. A palavra "indomável" significa: "algo que não pode ser derrotado"). Claggart não gosta da atitude de Billy, e diz a Squeak para vigiá-lo com cuidado.
O noviço volta de sua flagelação. Ele está com tanta dor que não pode andar. Billy está chocado, mas pensa que ele mesmo não será tratado assim enquanto obedecer às regras do navio.
Dansker diz aos novos homens que o apelido do Capitão Vere é "Starry Vere,". Billy pensa que ele deve ser um bom homem e jura lealdade a ele, embora ainda não o tenha visto. Na versão de quatro atos, o Capitão Vere vem no convés e encoraja os homens a se saírem bem na batalha.
Ato 2
Em seu camarote, o Capitão Vere conversa com seus oficiais sobre a revolução francesa. Eles falam sobre os mutantes que aconteceram na Marinha britânica. Os oficiais dizem que Billy pode causar problemas, mas Vere acha que seus homens são todos bons.
Quando Billy encontra Squeak olhando através de seus pertences, ele fica bravo e sua gagueira fica pior. Ele derruba Squeak no chão. Claggart parece estar do lado de Billy, então ele não é punido. No entanto, Claggart quer ser mau para Billy. Ele dá algum dinheiro ao noviço e lhe diz que deve persuadir Billy a iniciar um motim, e que ele deve dar o dinheiro a Billy como suborno. O noviço não se atreve a recusar. Billy recusa o suborno e pensa que será recompensado, mas a Dansker o adverte que Claggart é perigoso. Billy é ingênuo demais para entender o que a Dansker está dizendo. Eles cantam um dueto no qual Billy canta como a vida é maravilhosa no navio, e Dansker está tentando avisar Billy sobre Claggart: "Jemmy-legs está em cima de você".
Ato 3
Claggart começa a dizer ao Vere que Billy poderia causar problemas, mas é interrompido quando um navio francês é visto. O Indomável ataca, mas perde de vista o inimigo na névoa. Claggart volta, e diz à Vere que Billy representa uma ameaça de motim. Vere não acredita nele e manda chamar Billy para que Claggart possa falar com ele.
Mais tarde, na cabine da Vere, Claggart repete a falsa acusação na presença de Billy. Mais uma vez, Billy começa a balbuciar porque está muito zangado. Incapaz de falar, ele bate em Claggart e o mata. O capitão tem que reunir os oficiais. Eles decidem que Billy é culpado e o sentenciam a ser enforcado. Billy implora a Vere para salvá-lo e os oficiais lhe perguntam o que devem fazer, mas Vere permanece em silêncio. Ele vai para a cabine onde Billy está preso. A música sugere que o capitão está contando a Billy sobre sua sentença de morte.
Lei 4
A Dansker traz uma bebida para Billy. Ele lhe diz que a tripulação está disposta a um motim por causa dele, mas Billy aceita seu destino. No início da manhã, a tripulação se reúne no convés e Billy é executado. Pouco antes de morrer, ele elogia a Vere, cantando: "Starry Vere, Deus te abençoe!", e o resto da tripulação ecoa suas palavras.
Epílogo
Vere, como um homem velho, lembra-se do enterro de Billy no mar. Ele pensa em como o jovem o havia abençoado ao morrer, e percebe que isso era uma verdadeira bondade. Vere está agora em paz consigo mesmo. A orquestra pára de tocar e a voz de Vere é ouvida quando as luzes se apagam.
