A Universidade de Kansas iniciou um programa de basquetebol masculino em 1898, após a chegada do Naismith. Isto foi apenas seis anos depois de Naismith ter inventado o jogo. Naismith foi empregado como diretor de capela e instrutor de educação física. Nesses primeiros dias, a maioria dos jogos de basquete foi jogada contra equipes YMCA próximas. Os YMCA de toda a nação desempenharam um papel muito importante no nascimento do basquetebol. Outros oponentes comuns eram a Haskell Indian Nations University e a William Jewell College. Com Naismith como treinador, o time jogou apenas três das atuais 12 escolas Big 12: Nebraska (seis vezes), Missouri (duas vezes), e Kansas State (uma vez). O Naismith foi, ironicamente, o único treinador na história do programa a ter um recorde de derrotas (55-60). No entanto, Naismith treinou Forrest "Phog" Allen, que assumiu o cargo de técnico no Kansas. Allen também foi adicionado ao Salão da Fama do Basquetebol. Quando Allen se tornou treinador e lhe disse que iria treinar basquete na Universidade de Baker em 1904, Naismith disse a ele: "Você não pode treinar basquetebol; você só joga". Allen começou uma carreira de treinador que o levaria a ser conhecido como "o Pai do Treinamento de Basquetebol". Durante seu tempo no Kansas, Allen treinou Dean Smith (time do Campeonato Nacional de 1952) e Adolph Rupp (time do Campeonato Nacional da Fundação Helms de 1922). Quando Dean Smith se aposentou como treinador principal de basquetebol na Carolina do Norte, ele teve o maior número de vitórias na história do basquetebol universitário, o segundo foi Adolph Rupp (Kentucky) e o terceiro foi Allen. Os três treinadores se juntaram ao Naismith como membros do Salão da Fama do Basquetebol.
Na virada do século, havia equipes universitárias suficientes no leste dos Estados Unidos para que os primeiros jogos entre diferentes faculdades pudessem ser disputados. Embora seu esporte crescesse continuamente, Naismith há muito considerava seu jogo como uma curiosidade e preferia a ginástica e a luta livre como melhores formas de educação física. No entanto, o basquete se tornou um esporte de demonstração nos Jogos de 1904 em St. Louis, EUA. Como o Salão da Fama do Basquetebol relata, Naismith não estava interessado na autopromoção nem na glória dos esportes competitivos. Ao invés disso, ele estava mais interessado em sua carreira de educação física, recebendo um mestrado honorário de PE em 1910, patrulhando a fronteira mexicana por quatro meses em 1916 durante a Primeira Guerra Mundial, viajou para a França, publicou dois livros ("A Modern College" em 1911 e "Essence of a Healthy Life" em 1918) e se tornou cidadão americano em 1925.
Em 1935, a Associação Nacional dos Treinadores de Basquetebol (criada pelo aluno de Naismith, Phog Allen) coletou dinheiro para que o Naismith de 74 anos de idade pudesse testemunhar a introdução do basquetebol no programa esportivo olímpico oficial dos Jogos Olímpicos de Verão de 1936. Lá, Naismith entregou as medalhas a três equipes norte-americanas; Estados Unidos, pela Medalha de Ouro, Canadá, pela Medalha de Prata, e México, por sua vitória na Medalha de Bronze. Durante as Olimpíadas, ele foi nomeado o Presidente Honorário da Federação Internacional de Basquetebol. Quando Naismith voltou, ele comentou que ver o jogo jogado por muitas nações era a maior compensação que ele poderia ter recebido por sua invenção. Em 1937, Naismith desempenhou um papel na formação da Associação Nacional de Basquetebol Intercolegial, que mais tarde se tornou a Associação Nacional de Atletismo Intercolegial (NAIA).
Em seus últimos anos, Naismith tornou-se Professor Emérito no Kansas e se aposentou em 1937, aos 76 anos de idade. Incluindo seus anos como treinador, Naismith serviu como diretor atlético e docente na escola por um total de quase 40 anos. Naismith morreu em 1939, após sofrer uma hemorragia cerebral fatal e ser enterrado em Lawrence, Kansas. Postumamente, sua obra-prima "Basketball - suas origens e desenvolvimento" foi publicada em 1941. Em Lawrence, Kansas, James Naismith tem uma estrada chamada em sua homenagem, Naismith Drive, que corre em frente à Allen Fieldhouse (o endereço oficial da Allen Fieldhouse é 1700 Naismith Drive), a arena de basquete da Universidade de Kansas. É uma estrada separada, de quatro pistas, que vai do norte e do sul da University Drive para o sul até seu final na rua 24, logo ao sul do campus da KU. A universidade também nomeou a quadra em Allen Fieldhouse, James Naismith Court, em sua homenagem. Naismith Hall, um dormitório residencial universitário, está localizado na extremidade nordeste da 19th Street e Naismith Drive.