Ryan foi eleito pela primeira vez para a Câmara em 1999, ganhando o 1º assento distrital de Mark Neumann, um ocupante de dois mandatos que havia desocupado seu assento para fazer uma proposta infrutífera para o Senado dos EUA. Ryan venceu as primárias republicanas com o pianista Michael J. Logan de Twin Lakes, de 29 anos.
Ryan tornou-se o membro republicano no ranking do Comitê Orçamentário da Câmara em 2008 e depois presidente em 2012, após os republicanos assumirem o controle da Câmara. Nesse mesmo ano ele foi selecionado para dar a resposta republicana ao discurso do Estado da União.
Durante seus 12 anos na Câmara, Ryan patrocinou mais de 70 projetos de lei ou emendas, dos quais dois foram promulgados em lei. Um, aprovado em julho de 2000, renomeou um posto de correio no distrito de Ryan; o outro, aprovado em dezembro de 2009, baixou o imposto sobre os eixos de flechas. Ryan também co-patrocinou 975 projetos de lei, dos quais 176 foram aprovados. 22% destes projetos de lei foram originalmente patrocinados pelos democratas.
Em 2010, Ryan foi membro da Comissão Nacional bipartidária de Responsabilidade Fiscal e Reforma (Comissão Bowles-Simpson), que foi encarregada de desenvolver um plano para reduzir o déficit federal. Ele votou contra o relatório final da comissão.
Em 2012, Ryan acusou os principais líderes militares do país de usar "fumaça e espelhos" para permanecer abaixo dos limites orçamentários aprovados pelo Congresso. Ryan disse mais tarde que falou mal sobre o assunto e chamou o General Martin Dempsey, Presidente do Estado-Maior Conjunto, para pedir desculpas por seus comentários.
A partir de meados de 2012, Ryan havia feito sete viagens ao exterior como parte de uma delegação do Congresso.
