O recinto da abadia cobre 28 ha e está rodeado por um muro de 3,4 m de altura. Foi construída no século XIII. Algumas partes dela são visíveis ao sul e oeste da abadia.
A área consiste em três zonas concêntricas que são cortadas pelo rio Skell, fluindo de oeste para leste através do local. A igreja e seus prédios ficam no centro da esquina ao norte do Skell. Sua quadra interna contém edifícios domésticos que se estendem até o rio e a quadra externa. Ela abriga os edifícios industriais e agrícolas.
A igreja original da abadia foi construída de madeira e "provavelmente" tinha dois andares de altura. Foi, no entanto, rapidamente substituída por pedra. A igreja foi danificada no ataque à abadia em 1146 e foi reconstruída, em uma escala maior, no mesmo local. Os trabalhos de construção foram concluídos na c.1170. Esta estrutura, concluída em torno de 1170, tinha 91 m de comprimento e 11 baías nos corredores laterais.
Vista da Abadia de Fountains olhando de oeste para sul.
A casa do abade, uma das maiores de toda a Inglaterra, está localizada ao leste do bloco da latrina. Porções dela estão suspensas em arcos sobre o rio Skell. Foi construída em meados do século XII como uma modesta estrutura de um único andar. A partir do século XIV, passou por uma extensa expansão e remodelação. No século XVI, tornou-se uma grande moradia com belas janelas e grandes lareiras. O grande salão era uma sala expansiva de 52 por 21 metros.
Entre outros apartamentos, para a designação dos quais ver a planta baixa, estava um oratório doméstico ou capela, 46 1⁄2 por 23 pés (14 por 7 m), e uma cozinha, 50 por 38 pés (15 por 12 m).