Em 1869, Fujita nasceu na província de Awa (Tokushima).
Em 1895 ele se formou na Escola de Artes Liberais da Universidade de Tóquio com uma graduação em estudos de língua chinesa.
Depois disso ele ensinou a história da literatura chinesa na Universidade de Waseda, na Universidade de Toyo e em outras escolas
Em 1896, ele cofundou o Dongya Xueyuan (東亞學院, East Asia College) com Oyanagi Shigeta e outros. Fujita também fundou a revista "Jiangsu Wenxue"《江湖文學》(Jiangsu Literature).
Em 1897, ele visitou Xangai.
Em 1898 ele ajudou a criar o Dongwen Xueshe (東文學社, East Asian Literature Society) com Luo Zhenyu.
Depois de 1904 Cen Chunxuan (岑春煊), o governador de Guangxi e Guangdong pediu à Fujita que ajudasse com a educação.
Em 1905, ele também ajudou a criar a escola secundária de Suzhou (江苏师范学堂). Ele convidou mais de 10 professores do Japão. A dinastia Qing concedeu-lhe então uma medalha. Em 1909, Fujita tornou-se professor na prestigiosa Universidade de Pequim.
Em 1912, o Japão retornou ao Japão. Ele viveu em Tóquio e pesquisou a história das interações Leste-Oeste. Em 1920 ele obteve o doutorado em literatura.
Em 1923 ele foi professor na Universidade de Waseda. Ele ensinou a história do transporte marítimo leste-oeste e a história das regiões ocidentais (China, Xiyu, Xinjiang dos tempos modernos).
Em 1925, tornou-se professor da Universidade imperial de Tóquio e primeiro professor de história da Ásia Oriental.
Em 1928, tornou-se professor e Ministro da Cultura e Política na Universidade Imperial de Taibei (臺北帝國大學). Em maio de 1929 ele voltou a Tóquio para dar uma palestra sobre a história do Xiyu novamente. Mas em julho ele morreu de insuficiência renal.
