A área fazia parte da Reserva Aborígene da Austrália Central quando a reserva foi criada em 1922. Em 1955, no entanto, as fronteiras da reserva foram movimentadas para permitir a mineração e a prospecção, principalmente de níquel. Foram criados campos de mineração na área ao redor do que hoje é Irrunytju. Em resposta, famílias aborígines se mudaram para se estabelecerem ao redor desses acampamentos. Algumas conseguiram empregos com os mineiros e foram pagas em rações alimentares; outras simplesmente estavam lá para proteger lugares de importância espiritual de pessoas de fora. Algumas empresas tomaram medidas para garantir que seus mineiros respeitassem estes locais; outras não o fizeram e vários locais sagrados foram danificados durante este período. A área foi tornada parte da reserva novamente em 1972.
Uma vez que os mineiros partiram, as famílias aborígines ficaram e construíram um assentamento permanente utilizando o que restava dos campos de mineração (abrigos, furos, etc.). A comunidade também recebeu dinheiro do governo federal para ajudar a estabelecer um assentamento permanente. A comunidade foi incorporada em 1976. Ela se tornou membro do Conselho de Ngaanyatjarra em 1981.
Irrunytju permanece em terras aborígines desde 1972. As atividades econômicas na área são regidas pelo Acordo de Uso da Terra Indígena Ngaanyatjarra, formado em 2006. A comunidade mantém muitas atividades tradicionais, tais como a caça e a coleta de mato. A comunidade tem seu próprio centro de arte, Irrunytju Arts, desde 2001.
