A Universidade Nacional de San Marcos foi fundada em 12 de maio de 1551, em Lima (
Peru), como a "Real Universidad de la Ciudad de los Reyes" (Universidade Real da Cidade dos Reis), pelo imperador Carlos I da
Espanha. Foi a primeira universidade oficialmente fundada (por decreto real) nas
Américas. Seu primeiro reitor foi Juan Bautista de la Roca. Durante seus primeiros anos, foi uma instituição monástica. Pedro Fernández Valenzuela foi seu primeiro reitor secular em 1571. Em 17 de setembro de 1574, foi eleito o nome do evangelista "San Marcos" (Saint Mark) como nome oficial da principal universidade do Vice-Reitorado do Peru.
A Universidade de San Marcos iniciou suas aulas com os estudos de teologia e artes, após alguns anos foram introduzidos os estudos de direito e medicina. O vice-rei do Peru Francisco de Toledo ajudou na secularização da universidade, depois foi possível escolher um religioso ou uma pessoa secular como reitor. Durante o século XVIII, muitos intelectuais latinoamericanos da Universidade de San Marcos começaram a criticar o sistema colonial. San Marcos e as faculdades de San Carlos e San Fernando (depois de incorporadas à universidade) eram monitoradas pelo Vice-Reitor.
Durante os tempos da emancipação, a universidade era uma figura muito importante para os movimentos de independência. O primeiro congresso constituinte do Peru teve lugar na capela da Universidade de San Marcos, em 1822. Durante o século XIX, a universidade voltou ao seu local conhecido como "Casona", ao lado do parque universitário. Até 1946, a universidade era geralmente chamada de Universidade de Lima, então naquele ano foi oficializado seu nome como "Universidad Nacional Mayor de San Marcos" (Universidade Nacional de San Marcos). Em 1951, foi inaugurado o Estádio da Universidade de San Marcos, como parte das comemorações de seu 400º aniversário.
Atualmente, a Universidade de San Marcos conta com 20 faculdades e 62 escolas acadêmicas, sendo a única universidade peruana que oferece estudos nas principais áreas de conhecimento (utilizando os critérios da UNESCO). San Marcos é considerada como a principal universidade peruana porque sua importante participação durante a história do Peru e seus notáveis ex-alunos e professores. É a única universidade peruana com um Prêmio Nobel, Mario Vargas Llosa, entre seus ex-alunos.