Também existe um jogo de cartas comerciais Pokémon. Os jogadores usam cartas Pokémon para lutar uns contra os outros e coletá-las, abrindo pacotes. Há também torneios ao vivo organizados pela Nintendo. Os danos do Pokémon são contados por "contadores de danos" ou objetos que são colocados nas cartas para manter o controle dos danos. Depois de somar todos os números nos contadores de danos, você subtrai do HP (pontos de saúde) do cartão para saber quanto HP ainda resta. Apenas 60 cartas são usadas no baralho de um jogador, e seis delas são colocadas de lado em uma pilha chamada "cartas prêmio". Depois que um jogador derruba a carta de um adversário, o derrotador pega apenas uma carta de prêmio com a face para baixo para o Pokémon não-EX. Enquanto isso, quando alguém faz um Pokémon EX desmaiar, ele ou ela recebe duas cartas-prêmio. Há uma pilha de descarte para cada jogador, para onde vão os Pokémon desmaiados. Algumas maneiras de ganhar são pegar todas as suas cartas de prêmio e/ou fazer seu oponente tirar todas as suas cartas.
Existem cartões projetados como vários Pokémon, que normalmente precisam de cartões de "Energia" para utilizar ataques. Há também cartões "Trainer", que são usados para outras coisas além dos ataques diretos dos Pokémon, como dar mais HP ao Pokemon. A maioria dos fãs da série concorda que um bom baralho é feito com cerca de vinte cartas "Pokémon", vinte cartas "Energy", e vinte cartas "Trainer".
Os jogadores podem fazer evoluir seus Pokémon Benched ou Active. O Banco é um local que pode segurar Pokémon, e estes Pokémon podem ser evoluídos com sua carta de evolução. O Active Pokémon também pode evoluir, mas também pode utilizar ataques. Para evoluir um Pokémon, você pode simplesmente colocar sua carta de evolução em cima dele.
Todos os cartões Pokémon têm tipos. O tipo afeta a eficácia de um ataque. Por exemplo, um certo cartão Pikachu do tipo Lightning- pode usar um ataque que normalmente causa 80 danos. Se o Pikachu o utiliza contra um Pokémon com uma fraqueza de +20 a Iluminação, você adiciona mais 20 danos ao dano normal para torná-lo 100. Os tipos também podem tornar as coisas menos eficazes.
Há também um tipo especial de Pokémon no jogo de cartas comerciais chamado "EX" Pokémon. Os Pokémon EX & GX são mais fortes que os normais, mas quando são eliminados, o adversário do jogador tira duas de suas cartas premiadas (com o Pokémon normal é apenas uma.) Além disso, há outro tipo especial de Pokémon no jogo de cartas comerciais chamado "Delta Species" Pokémon, que tem tipos diferentes dos cartões típicos, como um Charmander do tipo Electric, que normalmente é do tipo Fire. Na expansão do jogo de cartas comerciais "Diamond & Pearl", foram introduzidos os cartões "LV.X". Estas são um pouco como cartas de evolução, mas só podem ser usadas no Active Pokémon. Na expansão "HeartGold & SoulSilver", a Pokémon Company lançou novos cartões, chamados cartões LEGEND. Os cartões LEGEND são dois cartões vendidos separadamente que, quando juntos, fazem uma imagem. Eles só podem ser usados quando os dois cartões de que são feitos são colocados juntos; eles não podem funcionar separadamente.