A SUNY é governada por um Conselho de Administração, que consiste de dezesseis membros, quinze dos quais são nomeados pelo Governador, com o consentimento do Senado do Estado de Nova Iorque. O décimo sexto membro é o Presidente da Assembléia de Estudantes da SUNY. O Conselho de Curadores nomeia o Chanceler que serve como Diretor Geral da SUNY. A chanceler da SUNY é Nancy L. Zimpher.
O estado de Nova Iorque ajuda a financiar o sistema SUNY, que, juntamente com o CUNY, oferece educação de nível universitário de baixo custo aos residentes do estado. Os estudantes da SUNY também vêm de fora do estado e de 171 países estrangeiros. Estudantes de fora do estado e estrangeiros pagam mais mensalidades do que os estudantes do estado de Nova York. Embora a mensalidade seja mais elevada para estes estudantes não-residentes, sua mensalidade é subsidiada pelos dólares dos contribuintes do Estado de Nova York.
Para o ano acadêmico 2010-2011, os custos da mensalidade nas escolas SUNY para um curso de graduação são menos de dois terços do custo da maioria das outras instituições universitárias estaduais nos EUA. A mensalidade na State University of New York em Buffalo para um curso de graduação é de $7.772,75 por semestre ou $15.545,50 por ano para estudantes não-residentes. O valor do curso de graduação para estudantes não-residentes na Universidade de Maryland é de $24.830,44 por ano. O valor do curso para não-residentes e as taxas na Universidade de Oregon são de $25.830,00 por ano.
Há uma grande variedade de faculdades no sistema SUNY com algumas sobreposições em especialidades de local para local. A SUNY divide seus campi em quatro categorias distintas: centros universitários/instituições de concessão de doutorado, faculdades universitárias, faculdades de tecnologia e faculdades comunitárias. A SUNY também tem uma relação única com suas faculdades estatutárias que incorporam faculdades financiadas pelo estado dentro de outras instituições como a Universidade Cornell e a Universidade Alfred. Os estudantes das faculdades estatutárias têm o benefício de aulas subsidiadas pelo estado enquanto recebem todas as comodidades da vida no campus das instituições anfitriãs.
A SUNY e a City University of New York são sistemas universitários totalmente diferentes. (No entanto, ambas são instituições públicas que recebem financiamento do Estado de Nova York). Além disso, a SUNY não deve ser confundida com a Universidade do Estado de Nova York (USNY), que é a organização guarda-chuva governamental para a maioria das instituições relacionadas à educação e para muitos funcionários relacionados à educação (tanto públicos quanto privados) no Estado de Nova York, e que inclui, como um componente, o Departamento de Educação do Estado de Nova York.
Representação estudantil
Nos anos 70, os estudantes pediram representação eleitoral nos conselhos de administração das faculdades SUNY. Em 1971, a Legislatura Estadual acrescentou cinco membros votantes estudantes ao Conselho de Curadores de Cornell. Em 1975, o Legislativo acrescentou um assento de estudante sem direito a voto nos conselhos de administração de todas as unidades da SUNY. Duas cartas do Procurador Geral do Estado de Nova York reduziram os direitos parlamentares dos membros estudantes de participar nas reuniões. Estes documentos indicavam que os membros estudantes não eram, de fato, oficiais públicos. Por esta razão, o Procurador Geral disse que os estudantes poderiam ser levados ao tribunal para suas decisões. Em 1977, outra emenda estatutária submeteu os estudantes membros dos conselhos e diretorias da SUNY à Lei de Oficiais Públicos da NYS ou à Lei Geral Municipal da NYS e concedeu aos representantes estudantis poderes parlamentares de mover ou secundar moções e de colocar itens nas agendas dos órgãos. Finalmente, a legislatura deu pleno direito de voto aos membros estudantes em 1979, resultando em que os estudantes de todas as unidades da SUNY tivessem representantes votantes, exceto para o NYS College of Environmental Science and Forestry. Finalmente, em 1986, a legislatura deu também ao representante estudantil daquela faculdade o direito de voto.
