O arco de história 2001-2008 do Bionicle foi ambientado em um mundo de fantasia científica habitado predominantemente por seres parcialmente orgânicos, parcialmente máquinas, em um mundo subterrâneo, que existe em enormes cúpulas subterrâneas. Este mundo (denominado "O Universo Matoran") e suas raças já foram protegidos por um Grande Espírito chamado Mata Nui, até que ele foi lançado num eterno sono pelo malvado Makuta Teridax e pela Irmandade de Makuta. O mundo dos Matoran começou a desmoronar. Mas a máscara de vida que estava guardada dentro de Mata Nui foi enviada para o espaço para encontrar um novo planeta. A máscara aterrissou no planeta de Bara Magna e a máscara criou um pequeno corpo.
2009 começou uma nova saga da linha da história, deixando para trás os anos anteriores, e aventurando-se em novas possibilidades como Mata Nui, depois de ter sido banido por Makuta Teridax, caiu em um misterioso planeta estéril, chamado Bara Magna. Aqui ele se torna o centro da história, e faz novos aliados enquanto tenta encontrar uma maneira de salvar os Matoran e os Toa da regra tirânica de Makuta Teridax.
2001 - Busca das máscaras
A história começa com seis Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu e Onua, chegando numa ilha conhecida como a Ilha de Mata Nui, não se lembrando de nada além de seus nomes. Eles descobriram que os habitantes, os aldeões Matoran, enfrentam ataques constantes dos infectados Rahi, bestas selvagens controladas pela poderosa influência de Makuta Teridax através do uso de máscaras Kanohi Infectadas, causando uma guerra que durou cerca de 1000 anos. Depois de procurar e encontrar numerosas máscaras Kanohi, os Toa recebem, cada um deles, uma máscara Kanohi Dourada com tremendo poder e procuram o próprio Makuta. Depois de desafiar os ferozes caranguejos Manas e os Toa da Sombra (réplicas ilusórias dos Toa), os Toa confrontam Makuta e o derrotam unindo seus poderes elementais.
2002 - Os enxames Bohrok
Após sua derrota, Makuta liberou o antigo Bohrok. Os Bohrok são drones robóticos que foram projetados para "limpar" a ilha de Mata Nui até seu estado "no tempo anterior". Os Bohrok começaram a rasgar as aldeias da ilha, forçando Matoran a fugir. Um inventivo Matoran da Terra, Nuparu, constrói um veículo poderoso chamado Boxor, feito de partes de um Bohrok danificado, a fim de combater os enxames. O Toa, desconhecedor do propósito do Bohrok, coletou o Krana do Bohrok (criaturas semelhantes a máscaras que funcionam como seus cérebros) para enfrentar as rainhas Bohrok, as Bahrag: Cahdok e Gahdok. Os derrotados Cahdok e Gahdok são selados em uma prisão criada pelos poderes elementais dos Toa. Os Toa Mata são então expostos a uma substância chamada Protodermis Energizado, que os transforma, concedendo-lhes novas armaduras e armas. Eles se renomearam "Toa Nuva".
2003 - A Greve Bohrok-Kal e a Máscara da Luz
Com Cahdok e Gahdok derrotados, os enxames Bohrok são parados e devolvidos às suas colmeias. Entretanto, seis novos Bohrok de elite, chamados Bohrok-Kal, surgiram com o propósito de liberar o Bahrag. Em seguida, eles continuaram a roubar os poderes dos Toa Nuva, que são a chave para quebrar o selo. À beira da derrota, os Toa forçam todos os seus poderes para dentro do Bohrok-Kal, sobrecarregando-os e derrotando-os.
Pouco tempo depois, dois Matoran, Takua e Jaller, descobriram a Máscara de Luz Kanohi. Eles foram encarregados de viajar através da ilha de Mata Nui para encontrar o Toa da Luz. Enquanto isso, Makuta criou e enviou seis criaturas chamadas Rahkshi para encontrar a máscara e impedir a vinda do Toa de Luz. Os Rahkshi atravessaram Mata Nui, destruindo as aldeias de Ta-Koro e Onu-Koro. Os Rahkshi foram detidos pelos Toa, mas não antes de matar Jaller. A morte de Jaller fez com que Takua percebesse que ele era o Toa da Luz, e ele fez a máscara para se tornar o Toa Takanuva. Takanuva foi enfrentar Makuta e, durante sua batalha, ambos caíram em uma piscina de protoderme energizado, uma substância prateada com o poder de mudar ou destruir um ser, e se fundiram no ser Takutanuva. Takutanuva então procedeu para abrir a porta para a cidade de Metru Nui, permitindo a passagem de Matoran e Toa. Usando parte de sua energia vital, ele reanimou Jaller enquanto ainda mantinha a porta aberta. Entretanto, o uso de energia era muito grande e Takutanuva foi esmagado pela porta, parecendo matar tanto Takanuva quanto Teridax, deixando apenas a Máscara de Luz de Takanuva. Takanuva foi imediatamente ressuscitado quando sua máscara foi usada para ativar o farol para Metru Nui. Depois disso, o Matoran preparou-se para retornar à cidade insular de Metru Nui.
2004 - Lendas de Metru Nui
Enquanto os Matoran se preparavam para viajar para Metru Nui, os Turaga (anciãos da aldeia) revelaram que já haviam sido Toa, lutando em Metru Nui contra ameaças como a criatura da fábrica de Morbuzakh e os esquadrões Vahki controlados por Dume-controlados. Eles, como Matoran, foram transformados em Toa Metru por pedras Toa contendo poder sacrificado por Toa Lhikan. A missão deles era encontrar os seis Grandes Discos e derrotar o Morbuzakh, uma ameaça da planta que ameaçava destruir a cidade. Quando o fizeram, porém, foram traídos por Dume, o Turaga da cidade. Mais tarde, eles descobriram que Makuta Teridax havia tomado o disfarce de Dume e tomado o controle do Vahki (robôs da lei). Seu plano era colocar o Matoran para dormir, apagar suas memórias e reavivá-las "como seu conquistador". Os Toa fugiram, mas foram atacados por Teridax. Combinando seus poderes elementais, eles conseguiram selar Teridax em uma prisão de protodermis cristalizado. Os Toa viajaram para uma nova ilha, que mais tarde seria conhecida como Mata Nui, prometendo voltar para salvar os Matoran.
2005 - Web of Shadows
Eles retornam. No entanto, o malvado rei Sidorak e seu vice-rei Roodaka tinham reinado na ilha, com criaturas perversas semelhantes a aranhas chamadas Visorak. Os Toa foram logo capturados e transformados em bestiais Toa Hordika. Para voltar ao normal, os Toa procuraram o lendário Rahi Keetongu. Toa Vakama, porém, traiu os outros Toa e se juntou a Sidorak, que o tornou o líder do Visorak. O outro Toa enfrentou a horda Visorak em uma grande batalha, e convenceu Vakama a se juntar a eles novamente. Vakama então ordenou que o Visorak fosse livre. Keetongu então matou Sidorak, a quem Roodaka e Vakama traíram. Os seis Toa então derrotaram Roodaka com todos os seus seis poderes elementais. Entretanto, isto teve o efeito colateral de libertar Makuta porque Roodaka carregava um fragmento de sua prisão. Os Toa a golpearam por esta razão. Tendo sido restaurado por Keetongu, o Toa Metru trouxe o Matoran para uma nova ilha. Quando eles sacrificaram seu poder para despertar os Matoran, eles se tornaram Turaga, e mais tarde estabeleceram novas aldeias nesta ilha chamada Mata Nui.
2006 - Ilha da Perdição
O Toa Nuva soube que Mata Nui não estava apenas dormindo, mas morrendo. Para salvá-lo, eles devem viajar para a ilha de Voya Nui e procurar o misterioso Kanohi Ignika, a Máscara da Vida. Os Toa Nuva partiram para esta aventura, mas são rapidamente feitos prisioneiros por seis novos e poderosos inimigos, os Piraka: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak, e Avak. Eles procuraram a máscara para seus próprios propósitos sombrios. Quando os Toa não conseguiram retornar, um grupo de seis Matoran os seguiu. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu e Matoro escaparam para a ilha em latas de Toa, mas à medida que viajavam, parafusos de iluminação da Estrela Vermelha os transformaram na Toa Inika. Ao chegarem, eles souberam da Piraka e como escravizaram os Matoran locais fazendo-se passar por falsos Toa, a fim de fazer com que os Matoran construíssem uma fortaleza. Com a ajuda de uma pequena resistência Matoran e do antigo guardião Axonn, os Toa Inika conseguiram libertar os Toa Nuva, encontrar o templo da máscara e combater os Piraka, bem como as outras criaturas que a guardavam. Eles finalmente saíram vitoriosos com os Kanohi. Mas a Máscara da Vida possuía uma vontade própria e, no último momento, escapou de todos eles, correndo para as profundezas do mar.
2007 - Mar das Trevas
Após a perseguição pela Máscara da Vida, o Toa Inika desceu às águas depois de receber a misteriosa pista "salve a cidade afundada" de um desconhecido Matoran, que havia salvo Hahli de se afogar ao custo de morrer de doença descompressiva[14]. Uma explosão de energia da Máscara da Vida transformou o Toa Inika em formas respiratórias de água. Eles descobriram uma aldeia habitada de Mahri Nui que havia se separado de Voya Nui e se afundado há mil anos. O vilarejo foi ameaçado pelos antigos senhores da guerra conhecidos como Barraki que haviam sofrido mutações pelas águas mutagênicas vizinhas chamadas "The Pit". Os Toa, agora conhecidos como Toa Mahri, enfrentaram a Barraki para sobreviver. No entanto, quando os Toa recuperaram a máscara, o Grande Espírito morreu. Percebendo que ainda havia esperança, Toa Matoro correu para o centro do universo e sacrificou sua vida para reanimar Mata Nui. Nos últimos momentos de sua vida, Toa Matoro usou o poder da Máscara para teletransportar o Toa Mahri de volta para Metru Nui e permitir-lhes respirar ar novamente. A vida do Grande Espírito foi salva, mas ele ainda tinha que ser despertado.
2008 - A batalha final
Depois de receber nova armadura e armas de Artakha, o Toa Nuva chegou a Karda Nui, o núcleo do universo. Lá, eles vieram para enfrentar os Makuta que estavam tentando transformar a população de Av-Matoran - Matoran da Luz - em Matoran da Sombra. Os Toa Nuva foram ajudados pela chegada de Takanuva, agora capaz de controlar a Luz e a Sombra por causa de um ataque de sanguessugas-sombra, e Toa Ignika, que é a própria Máscara da Vida. O Kanohi Ignika tinha feito um corpo para si mesmo porque desejava ver como era ser um ser vivo. Com suas forças combinadas, eles chegaram a uma estrutura no centro de Karda Nui chamada Codrex, onde Toa Ignika teve que sacrificar seu novo corpo para despertar Mata Nui. Takanuva, com a ajuda do Av-Matoran ainda não corrompido, devolveu o Sombra Matoran a seus estados anteriores. Pouco tempo depois, os Toa escaparam do núcleo antes que a tempestade de energia causada pelo despertar de Mata Nui pudesse destruí-los. Os Makuta, no entanto, não conseguiram escapar e foram todos mortos. De volta a Metru Nui, o despertar de Mata Nui foi celebrado, mas a celebração foi interrompida quando foi revelado que Teridax havia tomado o corpo de Mata Nui, revelado ser o universo dos Matoran. Apanhando o espírito de Mata Nui na Máscara da Vida, ele o enviou voando para o espaço para que o antigo Grande Espírito não pudesse interferir em seu controle sobre o universo.
2009 - A Lenda Renascer
A história do Bionicle continua após Mata Nui ter sido banido de seu corpo por Makuta Teridax, em um planeta chamado Bara Magna. Com exceção de algumas espécies de vida selvagem, Bara Magna é um planeta desértico estéril que suporta apenas poucos recursos, portanto cada tribo do planeta tem alguns guerreiros, chamados Glatorianos, para lutar por eles. Estes recursos, tais como alimento e água, são distribuídos de acordo. Os aldeões deste mundo são conhecidos como Agori. Os Agori juntos formam seis tribos diferentes, cada uma filiada a uma região. Depois que a Máscara da Vida aterrissa em Bara Magna, ela cria um corpo para os Mata Nui utilizarem. Mata Nui então se une a alguns Glatorianos para derrotar as forças combinadas dos Skrall e Bone Hunters, duas grandes ameaças aos vilarejos, e procurar uma maneira de retornar ao seu corpo. Com a ajuda de seus novos amigos Glatorianos e Agori, ele expõe um traidor conhecido como Metus e derrota os Caçadores de Ossos e Skrall. Ele ajuda as aldeias do mundo a se unirem, pegando todos os pedaços gigantes de robô e ligando-os em um grande protótipo de corpo robótico, um corpo como aquele em que reside o Universo Matoran.
2010 - Fim da Viagem
Depois de derrotar os Skrall e ver o resto das aldeias se unirem, Mata Nui enfrenta o desafio de retomar seu antigo corpo de Teridax. Ele aprende que foi criado pelos Grandes Seres no planeta de Spherus Magna, que agora está dividido em uma lua da selva (Bota Magna), uma lua do oceano (Aqua Magna), e o planeta desértico restante (Bara Magna), como resultado da Guerra dos Núcleos. Mata Nui também aprende que antes de ser construído, havia um robô anterior, que os Agori usam como seu lar. Um Agori de Tesara chamado Tarduk ajuda Mata Nui, mostrando-lhe uma antiga fonte de energia que poderia alimentar o antigo robô.
Nesta viagem final, dois heróis voltam para terminar a luta: Tahu, voltou à sua forma original para usar a poderosa Armadura Dourada, e Takanuva. Eles são auxiliados por Gresh. Eles lutam contra o Senhor da Guerra Skakdi, Nektann para derrotar Makuta e seu exército; hordas de Rahkshi, armadas com visão de calor; e Skrall.
A história continua enquanto as forças do universo Matoran e Glatorian enfrentam a investida de Skakdi, Rahkshi e Skrall. A armadura dourada, espalhada pela explosão de Makuta é coletada por Tahu, Gresh e Takanuva dos muitos inimigos. Tahu derrota o senhor da guerra Skakdi Nektann e, em seguida, lança a armadura, que incinera cada Rahkshi Kraata em Bara Magna.
Teridax afirma que destruirá Bara Magna com energia gravitacional, até que Mata Nui force seu braço para cima, fazendo com que Teridax envie a onda de energia para as luas acima. Mata Nui empurra Teridax de volta para uma das luas de onrushing, a lua verde de Bota Magna, cujo impacto destrói seu processador central, o que mata Teridax. Mata Nui chora então o irmão que ele poderia ter tido, em sua mente.
O final conclui quando Mata Nui usa sua força e o poder da Máscara da Vida para reunir novamente Spherus Magna, para curar aqueles que sofreram mutações por Pit Mutagen, para trazer vida de volta ao planeta e para reconstruir características geográficas destruídas. A tensão faz com que seu núcleo de poder se dissipe, destruindo o protótipo do robô. Quando o Glatoriano e o Toa descobrem o Ignika incólume no local onde Mata Nui estava, Mata Nui fala com eles de dentro da Máscara da Vida. Ele lhes diz que o futuro é seu e seu para construir. Ele então permanece adormecido no Ignika. Os Agori, Matoran, Toa, Glatorian e todos os outros começam uma nova vida em Spherus Magna.
Futuro do Bioniclete
A linha de brinquedos Bionicle terminou no final de 2009, depois que os conjuntos de 2010 foram finalizados para lançamento, e foi substituída no verão de 2010 pela Hero Factory, um tema Lego que é compatível com os conjuntos Bionicle. Mas apesar disso, a história continua em séries escritas por Greg Farshtey online no site BIONICLEstory.com.
