DeGeneres nasceu no Hospital da Fundação Ochsner em Jefferson, Louisiana, ela é filha de Elizabeth Jane "Betty" Pfeffer DeGeneres, uma terapeuta da fala, e Elliott Everett DeGeneres, um agente de seguros. Ela tem um irmão, Vance. Seu irmão é músico e produtor. Ela é de ascendência francesa, inglesa, alemã e irlandesa. Ela foi criada como cientista cristã até os 13 anos de idade. Em 1973, seus pais pediram a separação e se divorciaram no ano seguinte. Pouco tempo depois, a mãe de Ellen casou-se com Roy Gruessendorf, um vendedor. Betty Jane e Ellen mudaram-se com Gruessendorf da área de Nova Orleans para Atlanta, Texas. Vance ficou com seu pai.
DeGeneres se formou na Escola Secundária de Atlanta em maio de 1976. Seus primeiros anos de ensino médio foram no Grace King High School, em Metairie, Louisiana. Ela voltou para Nova Orleans para freqüentar a Universidade de Nova Orleans, onde se formou em estudos de comunicação. Após um semestre, ela deixou a escola para fazer trabalhos de escritório de advocacia com uma prima, Laura Gillen. Ela também trabalhou vendendo roupas na loja da rede Merry-Go-Round no Lakeside Shopping Center.
Seus primeiros empregos incluíram trabalhar na J. C. Penney, ser garçonete na TGI Friday's e em outro restaurante, pintora doméstica, recepcionista e barman. Ela fala de suas experiências quando criança e no trabalho em seu trabalho de comediante.
Em um episódio de The Ellen DeGeneres Show de 9 de fevereiro de 2011, DeGeneres compartilhou uma carta da New England Historic Genealogical Society. Ela disse que ela é Catherine, prima da Duquesa de Cambridge, através de seu ancestral comum, Thomas Fairfax. Madonna é a décima-primeira prima de DeGeneres.
