Sanger aposentou-se em 1983 em sua casa, "Far Leys", em Swaffham Bulbeck, nos arredores de Cambridge.
Em 1992, o Wellcome Trust e o Conselho de Pesquisa Médica fundaram o Centro Sanger (hoje Instituto Sanger), com o seu nome. O Instituto fica no Campus de Genoma do Wellcome Trust, perto de Hinxton, a apenas alguns quilômetros da casa de Sanger. John Sulston, o diretor fundador, perguntou a Sanger se o centro poderia ser nomeado em sua homenagem. Sanger concordou, mas avisou: "É melhor que seja bom". Foi inaugurado pelo próprio Sanger em 4 de outubro de 1993, com uma equipe de menos de 50 pessoas. O Instituto tem agora um papel de liderança no seqüenciamento do genoma humano. O Instituto tem agora mais de 900 pessoas e é um dos maiores centros de pesquisa genômica do mundo.
Embora mantenha sua antipatia pela violência, ele perdeu sua fé religiosa Quaker e se autodenomina um agnóstico. Em uma entrevista publicada no jornal Times em 2000, Sanger é citado como um provérbio: "Meu pai era um Quaker comprometido e eu fui criado como Quaker, e para eles a verdade é muito importante". Eu me afastei dessas crenças - é óbvio que se está procurando a verdade, mas é preciso alguma evidência para isso. Mesmo se eu quisesse acreditar em Deus, eu acharia muito difícil. Eu precisaria ver provas".
Ele recusou a oferta de um título de cavaleiro por não desejar ser tratado como "Senhor", mas mais tarde aceitou a concessão de uma Ordem deMérito.
Em 2007, a Sociedade Britânica de Bioquímica recebeu uma doação do Wellcome Trust para catalogar e preservar os 35 cadernos de laboratório nos quais Sanger registrou suas notáveis pesquisas de 1944 a 1983. Ao relatar este assunto, a revista Science journal observou que Sanger, "a pessoa mais voltada para si mesma que você poderia esperar encontrar", estava agora passando seu tempo jardinando em sua casa em Cambridgeshire.
Morte
Sanger morreu em 19 de novembro de 2013 em sua casa em Cambridge, Inglaterra, com 95 anos de idade. Atualmente, sua biografia científica está sendo escrita para publicação em 2014.
