A primeira menção de uma possível Ordem de Mérito foi feita após a Batalha de Trafalgar, em 1805, em cartas entre o Primeiro Senhor do Almirantado, Lorde Barham e o Primeiro Ministro William Pitt, embora nada tenha surgido a partir da idéia. Mais tarde, a Rainha Vitória, seus cortesãos e políticos, todos pensaram que uma nova ordem, baseada na ordem prussiana Pour le Mérite, compensaria o insuficiente reconhecimento oferecido pelo sistema de honras estabelecido para alcançar fora do serviço público, em domínios como arte, música, literatura, indústria e ciência. O marido de Victoria, Albert, Príncipe Consorte, interessou-se pelo assunto; ele escreveu em seu diário que se encontrou em 16 de janeiro de 1844 com Robert Peel para discutir a "idéia de instituição de uma ordem civil de mérito" e três dias depois ele conversou com a Rainha sobre o assunto. O conceito não murchou e, em 5 de janeiro de 1888, o primeiro-ministro britânico Marquês de Salisbury apresentou à Rainha um projeto de constituição para uma Ordem de Mérito em Ciência e Arte, consistindo de uma nota dividida em dois ramos de cavalaria: a Ordem do Mérito Científico - para Cavaleiros de Mérito em Ciência, com as letras pós-nominais KMS - e a Ordem do Mérito Artístico - para Cavaleiros de Mérito em Arte, com as letras pós-nominais KMA. Entretanto, Sir Frederic Leighton, Presidente da Academia Real, desaconselhou a nova ordem, principalmente por causa de seu processo de seleção.
Foi o filho de Victoria, EduardoVII, que eventualmente fundou a Ordem de Mérito, em 26 de junho de 1902 - data para a qual sua coroação havia sido originalmente planejada - como um meio de reconhecer "o serviço excepcionalmente meritório em Nossa Marinha e Nosso Exército, ou que pode ter prestado um serviço excepcionalmente meritório para o avanço da Arte, Literatura e Ciência"; todos os aspectos modernos da ordem foram estabelecidos sob sua direção, incluindo a divisão para figuras militares. Desde o início, os primeiros-ministros tentaram propor candidatos ou fizeram lobby para influenciar a decisão do monarca sobre as nomeações, mas a Real Casa guardou com firmeza as informações sobre nomes potenciais. Após 1931, quando a Comunidade das Nações surgiu e as antigas Dominações do Império Britânico se tornaram estados independentes, iguais em status ao Reino Unido, a Ordem de Mérito permaneceu uma honra aberta a todos os reinos do Rei; assim, como com o monarca que a conferiu, a ordem deixou de ser puramente britânica.
Desde o início, a ordem foi aberta às mulheres, sendo Florence Nightingale a primeira mulher a receber a honra, em 1907. Várias pessoas não aceitaram a honra, tais como Rudyard Kipling, A. E. Housman e George Bernard Shaw. Até hoje, o Príncipe Philip, Duque de Edimburgo, continua sendo a pessoa mais jovem já admitida na Ordem de Mérito, tendo sido admitido pela Rainha Elizabeth II em 1968, quando tinha 47 anos de idade.
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