Primeiro mandato
Uma das primeiras iniciativas da Howard foi unir os governos estaduais da Austrália para proibir a posse de armas na Austrália. Este movimento veio depois do Massacre de Port Arthur na Tasmânia em 1996, onde 35 pessoas foram mortas e outras 37 ficaram feridas nas mãos de um pistoleiro. Em 1998, Howard e seu tesoureiro, Peter Costello, levaram uma grande reforma fiscal (o GST) para a eleição e venceram.
Segundo mandato
Em 1999, o governo de John Howard realizou um referendo sobre se a Austrália deveria se tornar uma república e ter um presidente em vez de uma rainha. No entanto, John Howard não apoiou o referendo e instou o povo a votar não. A oposição do Partido Trabalhista Australiano liderada por Kim Beazley criticou o tratamento dado por John Howard ao litígio sobre a Orla Marítima Australiana de 1998.
Em 1999, Howard liderou uma força das Nações Unidas no Timor Leste (INTERFET), para ajudá-los a estabelecer uma democracia independente.
Terceiro mandato
Após os ataques de 11 de setembro, John Howard esteve envolvido em questões mundiais. Ele era próximo de George W.Bush, que era o líder dos Estados Unidos. George Bush chamou John Howard de "aliado chave". John Howard enviou tropas da SAS para o Afeganistão e Iraque para apoiar os Estados Unidos, e assinou um acordo de livre comércio com os Estados Unidos. Apesar desta aliança, a Austrália permaneceu bastante neutra em relação a Israel e à Palestina.
Como antes de Howard, o comércio australiano com a Ásia cresceu enquanto John Howard era líder. Ele convidou o líder chinês Hu Jintao para falar ao Parlamento australiano pela primeira vez. Após o tsunami do Dia do Boxe de 2004, John Howard chamou o Presidente da Indonésia e ofereceu um bilhão de dólares para ajudar. John Howard aumentou muito a imigração e as pessoas vieram para a Austrália vindas de todo o mundo, mas ele tentou impedir a vinda de barcos de pessoas sem pedir vistos primeiro.
Quarto termo
Em 2005, ele tornou mais fácil para os patrões se livrarem dos trabalhadores ao introduzir a polêmica legislação industrial WorkChoices introduzida por seu Ministro de Relações no Local de Trabalho, Kevin Andrews. Isto perturbou as pessoas e o Partido do Trabalho se tornou mais popular. Em 24 de novembro de 2007, Kevin Rudd ganhou uma eleição e John Howard deixou de ser primeiro-ministro. John Howard também perdeu seu assento no Parlamento para a candidata do Partido do Trabalho Maxine McKew, uma ex-jornalista da ABC TV.