Após o ataque, os Estados Unidos culparam a Al-Qaeda, que os Estados Unidos pensavam ser um grupo terrorista. O Presidente George W. Bush disse que iniciaria uma "Guerra ao Terror". Ele queria dizer que os Estados Unidos fariam mais coisas para tentar deter o terrorismo no futuro. Bush disse que isto se destinava a proteger os americanos e seus bens contra os terroristas. Por exemplo, o governo americano seria reorganizado. A segurança e o controle em locais públicos foi reforçada, especialmente nos aeroportos. Todos os dias, os americanos eram informados se havia uma séria ameaça de terrorismo. (Isto era feito dando uma cor para o dia. Vermelho significava que havia um risco alto, verde significava um risco baixo, e havia muitos níveis no meio).
A Guerra contra o Terror também levou a guerras reais. O líder da Al-Qaeda, Osama bin Laden, viveu no Emirado Islâmico do Afeganistão. Os Estados Unidos disseram ao governo do Afeganistão, chamado Talibã, para entregar Bin Laden a eles. O Talibã não faria isso. O líder do Talibã, o mulá Muhammad Omar, exigiu ver provas do governo dos Estados Unidos. Se não fossem dadas provas, o mulá Omar disse que não entregaria Bin Laden. O presidente George W. Bush disse que não precisava apresentar provas. Os Estados Unidos, então, entraram em guerra contra o Afeganistão. O Talibã foi afastado do poder, um novo governo foi colocado no poder e um novo presidente foi escolhido pelo povo do Afeganistão.
Enquanto isso acontecia, o governo dos Estados Unidos mudou de algumas maneiras. O Departamento de Transportes dos Estados Unidos (DOT) criou a Administração de Segurança dos Transportes (TSA). Antes do 11 de setembro, a segurança nos aeroportos americanos era garantida pelas companhias aéreas. A TSA fez com que fosse tarefa do governo fornecer segurança nos aeroportos. Novos oficiais foram contratados pela TSA para trabalhar nos aeroportos e para voar em aviões como agentes de segurança aérea. A TSA também fornece segurança em trens e metrôs americanos. Um novo Departamento de Segurança Interna também foi criado. Tornou-se seu trabalho proteger os americanos e suas propriedades dentro dos Estados Unidos. Quando este departamento foi criado, a TSA passou do DOT para a Segurança Nacional.
Após derrotar o Talibã, o presidente George W. Bush pensou que os EUA deveriam invadir o Iraque. Ele acreditava que o Iraque ajudava grupos terroristas, incluindo a Al-Qaeda. Ele disse que tinha provas de que o Iraque também estava fabricando armas de destruição em massa. Ele enviou o Secretário de Estado Colin Powell às Nações Unidas para mostrar-lhes algumas das provas. Em março de 2003, os Estados Unidos iniciaram sua invasão do Iraque. (Quatro outros países também participaram, incluindo o Reino Unido, Austrália, Polônia e Dinamarca). O governo do Iraque foi derrubado, e o povo do Iraque elegeu um novo governo. Nenhuma arma de destruição em massa foi encontrada no Iraque.
Em 2 de maio de 2011, os SEALs da Marinha dos Estados Unidos mataram o líder da Al-Qaeda Osama bin Laden, que liderou os ataques de 11 de setembro de 2001, entre outras tentativas terroristas.