Ele foi eleito sem concurso como único candidato, tornando-se Presidente da Irlanda em 3 de dezembro de 1976.
Depois de 1982 as pessoas o consideraram um presidente muito bom e honesto. Antes disso, ele havia sido descartado como aborrecido e monótono. Em 1982 o Taoiseach, o Garret FitzGerald do Fine Gael, perdeu uma votação no Dáil Eireann. O Dr. Fitzgerald pediu uma eleição geral. Como presidente ele não precisava concordar, e o Dr. Fitzgerald teria que se demitir. Isto significava que o Dáil Eireann poderia escolher Charles Haughey como Taoiseach. Hillery achou que uma nova eleição era melhor, mas muitas pessoas do próprio partido do presidente tentaram convencê-lo do contrário.
O Presidente Hillery recusou-se a falar com qualquer político do partido da oposição, mas quando Charles Haughey, que era Líder da Oposição, telefonou para o Gabinete do Presidente, ele ameaçou terminar a carreira do oficial do exército e recusou, sob ordens explícitas de Hillery, passar a chamada para o Presidente. Hillery ligou para o Chefe do Estado-Maior do Exército Irlandês no dia seguinte e como Comandante-Chefe do Exército havia ordenado ao Chefe do Estado-Maior que garantisse que nenhum político jamais interferisse na carreira do jovem oficial do Exército.
Em 1983, Hillery foi novamente eleita sem oposição. Hillery deixou o cargo em 1990 (ele havia cumprido os dois mandatos no máximo), amplamente aplaudido por sua integridade, honestidade e devoção ao dever. Entretanto, ele voltou à vida pública em 2002, durante o segundo referendo sobre o Tratado de Nice, quando insistiu no voto no sim. O plebiscito foi realizado.