Anos iniciais (2000-02)
Em 2000, Iwata tornou-se o chefe da divisão de planejamento corporativo da Nintendo. Ele também foi colocado no conselho de administração. Nos dois anos seguintes, ele queria um desenvolvimento de jogos mais barato e mais curto, garantindo que a qualidade ainda fosse boa. Durante seus dois primeiros anos na Nintendo, a empresa viu o lucro aumentar em 20 e 41%. O trabalho de Iwata ajudou a fazer isso. Quando Yamauchi, presidente da empresa desde 1949, se aposentou em 24 de maio de 2002, Iwata se tornou o quarto presidente da Nintendo. Ele foi o primeiro presidente da Nintendo que não estava na família Yamauchi através de sangue ou casamento. Yamauchi pediu uma coisa a Iwata: "que a Nintendo tem novas idéias e cria hardware que mostra esse ideal". E fazer software que tenha o mesmo padrão". A Nintendo era uma empresa que queria o individualismo, com uma política criada pela Yamauchi para criar novas posições de desenvolvimento quando necessário. No entanto, isto impede uma boa colaboração entre departamentos.
Quando a Iwata foi promovida, a Nintendo ainda era uma empresa lucrativa. No entanto, eles não estavam fazendo tão bem quanto outros fabricantes de consoles. A GameCube estava vendendo mal comparada aos concorrentes, com o PlayStation 2 da Sony e o Xbox da Microsoft vendendo-o em excesso. Sua presidência também aconteceu quando os jogos online se tornaram populares. A Nintendo não tinha começado a fazer jogos online. Ele foi cuidadoso ao fazer isso, dizendo: "Não somos contra a idéia de ficar online. Nós somos apenas práticos". Ele também criou uma relação entre a Nintendo e a Capcom que ajudou a GameCube. Durante uma entrevista em 2002, Iwata disse que sentia que a indústria de jogos estava se tornando muito exclusiva. Ele queria fazer hardware e jogos que todas as pessoas quisessem jogar em vez de se concentrar em bons gráficos.
Uma das primeiras coisas que ele fez como presidente foi encontrar-se diretamente com os 40 chefes de departamento da empresa e outros 150 funcionários. Isto era muito diferente da Yamauchi; a Yamauchi não se reunia com os funcionários com freqüência, e ele geralmente tinha apenas um discurso a cada ano. Iwata sabia que só porque ele era presidente, isso não significava que todos concordariam com ele. Ele decidiu falar com eles em um nível pessoal. Se os funcionários discordassem de sua opinião, Iwata sugeriria que eles seguissem sua idéia em vez da sua própria. Ele disse que "os criadores só melhoram a si mesmos se assumirem riscos". Iwata também trouxe mais dados e ciência para a parte comercial da empresa. Yamauchi tomou decisões usando intuição e experiência, Iwata tinha idéias com muitos dados para convencer as pessoas. Iwata também promoveu Miyamoto, Genyo Takeda, Yoshihiro Mori e Shinji Hatano a diretores representantes no conselho de administração da empresa. Seus cargos tinham o mesmo poder que os seus.
Revitalização da empresa (2003-09)
No seguimento de sua entrevista de 2002, Iwata disse que havia um problema no mercado de jogos em seu discurso de abertura no Tokyo Game Show de 2003. Durante este discurso, ele pensou sobre a história da indústria e que havia menos interesse em jogos de vídeo. A partir do final dos anos 90, houve menos vendas no mercado japonês. Isto continuou até o início dos anos 2000. A competição entre a Nintendo e a Sony significava que os consoles estavam mais focados em hardware poderoso. Entretanto, o Nintendo 64 era muito difícil para os desenvolvedores para fazer jogos. Por causa disso, o software não era tão bom. Iwata pediu que fosse feita uma análise. A Nintendo decidiu que o foco no hardware não era a melhor maneira de promover os videogames. Eles decidiram focar em software. Em 2004, houve uma grande mudança dentro da Nintendo. Iwata fundiu vários departamentos criados sob a Yamauchi. Ele queria ter um trabalho colaborativo em toda a empresa. Mais tarde, ele criou um "Projeto de Expansão do Usuário" em 2005. Os funcionários normalmente não relacionados ao desenvolvimento de jogos dariam idéias para novos jogos.
Em uma entrevista de março de 2004, Iwata disse: "Os jogos chegaram a um beco sem saída". Ele disse que os desenvolvedores perderam muito tempo concentrando-se nos principais jogadores; ele disse que eles não teriam lucro se não fizessem jogos para o jogador normal. Ele também queria mostrar que a Nintendo, uma empresa "conservadora", se tornaria uma grande nova criadora de entretenimento. Iwata criou uma estratégia de "oceano azul" para ajudar a Nintendo a competir contra os outros fabricantes de consoles. Em vez de competir contra eles sobre hardware poderoso, Iwata decidiu fazer hardware e jogos interessantes e divertidos.
Diminuição financeira (2010-14)
| Vendas líquidas da Nintendo por ano fiscal (2006-15) |
| Exercício fiscal | | | | Vendas (milhões ¥) |
| 2006 | | 508,827 |
| 2007 | | 966,534 |
| 2008 | | 1,672,423 |
| 2009 | | 1,838,622 |
| 2010 | | 1,182,177 |
| 2011 | | 1,014,345 |
| 2012 | | 647,652 |
| 2013 | | 635,422 |
| 2014 | | 571,726 |
| 2015 | | 549,780 |
| As vendas líquidas anuais da Nintendo em milhões de yenNote : Verde indica uma receita operacional enquanto preto indica uma perda operacional. |
O Nintendo 3DS e o Wii U não tiveram tanto sucesso quanto o DS e o Wii. As finanças da Nintendo pioraram a partir de 2010.