A nascente do Dajabón está na montanha
Pico de Gallo, no lado norte da Cordilheira Central da Cordilheira. Ela flui através da província de
Dajabón e depois forma parte dos limites entre
o Haiti e a
República Dominicana. Sua boca fica na baía de Manzanillo, no Oceano Atlântico.
Sua descarga (volume de água que passa por uma seção do rio por unidade de tempo) é de 2,84 metros cúbicos por segundo em Don Miguel, um lugar a poucos quilômetros ao sul da cidade de Dajabón.
A cidade de Dajabón é a mais importante cidade dominicana próxima ao rio. Ela flui também através da cidade de Loma de Cabrera. A cidade haitiana de Ouanaminthe também está próxima ao rio.
O afluente mais importante é o rio Capotillo (no Haiti, rio Bernard). Não há nenhum afluente importante na parte inferior.
O rio Capotillo faz parte da fronteira norte entre o Haiti e a República Dominicana até se juntar ao rio Dajabón, entre as cidades de Loma de Cabrera e Dajabón. Depois a fronteira segue o curso do rio Dajabón.