Duas propriedades das moléculas de MHC dificultam que os patógenos se esquivem da resposta imunológica.
1. MHC é poligênico. Existem vários genes diferentes, de modo que cada pessoa ou animal tem um conjunto de moléculas de MHC que ligam gamas um pouco diferentes de peptídeos.
2. Os genes MHC são altamente polimórficos. Isto significa que existem múltiplos alelos variantes de cada gene na população. O polimorfismo é tão elevado que em uma população mista não há dois indivíduos com exatamente o mesmo conjunto de genes e moléculas MHC, com exceção de gêmeos idênticos.
Dentro de uma população, a presença de muitos alelos diferentes significa que quase sempre haverá um indivíduo com uma molécula MHC específica capaz de carregar o peptídeo correto para reconhecer um micróbio específico. A evolução do polimorfismo MHC significa que uma população não sucumbirá a um novo patógeno ou a um mutante, porque pelo menos alguns indivíduos serão capazes de desenvolver uma resposta imunológica adequada para derrotar o patógeno. As variações nas moléculas de MHC são o resultado da herança de diferentes moléculas de MHC.
Transplantes
Os transplantes são limitados àqueles que obtêm a menor reação do sistema MHC em testes de combinações de tecidos.
Doenças auto-imunes
Uma doença auto-imune ocorre quando as células imunes não reconhecem as moléculas de MHC de outras células e começam a atacar seu próprio corpo.
