As raposas voadoras na Austrália são conhecidas por serem portadoras de duas infecções que podem representar um sério risco para a saúde humana - o vírus australiano do morcego lyssavirus e o vírus hendra (Henipavirus). Estas doenças transmitidas por morcegos, exclusivas de Queensland, estão entre os vírus mais mortais do mundo ocidental. Embora raras, estas doenças continuam a mistificar os profissionais médicos. Estas doenças transmitidas por morcegos são quase sempre fatais. As infecções humanas com estes vírus são, felizmente, muito raras.
O vírus Hendra é um vírus que infecta principalmente megabatts (grandes morcegos frugívoros, ou "raposas voadoras") que pode ser transmitido aos cavalos. Como o ébola e marburg, o hendra é uma febre hemorrágica com alta a muito alta mortalidade (50-90%). Tanto o ébola quanto o vírus marburg foram associados aos megabatts como vetores infecciosos. Pensa-se que os cavalos contraem o vírus Hendra ingerindo alimentos ou água contaminada com fluidos corporais e excreções infectados com megabat. O vírus pode ser mortal tanto para humanos quanto para cavalos. Quando não há manuseio ou contato físico direto com raposas voadoras, há um risco insignificante para a saúde pública.
Sabe-se que apenas três pessoas sobreviveram ao vírus Hendra transmitido por morcegos. Até agora, mais da metade de todas as pessoas que contraíram o vírus Hendra morreu em seis semanas, porém não houve sobreviventes de uma segunda doença transmitida por morcegos em Queensland. Em 1994, o lyssavirus - um parente próximo do vírus da raiva - foi descoberto pela primeira vez em uma raposa voadora mostrando sintomas perto de Ballina, NSW (que fica na fronteira com Queensland). O lyssavirus matou as únicas três pessoas que alguma vez o contraíram.
