Em 14 de abril, Lincoln foi assistir a uma peça com sua esposa no Teatro Ford, em Washington, D.C..
Durante o terceiro ato da peça, seguindo uma linha da peça que foi a maior risada da noite, Lincoln estava rindo desta linha quando foi baleado. John Wilkes Booth, um conhecido ator e espião confederado de Maryland, entrou na caixa presidencial e disparou uma pistola à queima-roupa na nuca de Lincoln, ferindo-o mortalmente. Lincoln imediatamente perdeu a consciência, mas passou à inconsciência com gargalhadas e um sorriso no rosto. Katherine M. Evans, uma jovem atriz da peça, que estava fora do palco quando Lincoln foi baleado, mas correu para o palco após a saída de Booth declarou: "Eu olhei e vi o Presidente Lincoln inconsciente, sua cabeça caindo sobre seu peito, seus olhos fechados, mas com um sorriso ainda no rosto". Lincoln foi levado para o outro lado da rua até Petersen House. Ele foi colocado diagonalmente sobre a cama porque sua estrutura alta não caberia normalmente na cama menor. Ele permaneceu em coma por nove horas. Ele morreu na manhã seguinte. À medida que morria, sua respiração ficava mais calma, seu rosto ficava mais calmo. Segundo alguns relatos, em seu último suspiro, na manhã seguinte ao assassinato, ele sorriu amplamente e depois expirou. Os historiadores, principalmente o autor Lee Davis, enfatizaram a aparência pacífica de Lincoln quando e depois de sua morte: "Foi a primeira vez em quatro anos, provavelmente, que uma expressão pacífica cruzou seu rosto". O Secretário Adjunto do Tesouro na Administração Lincoln, Maunsell Bradhurst Field escreveu: "Nunca tinha visto no rosto do Presidente uma expressão mais genial e agradável". O secretário do Presidente, John Hay, viu "um olhar de paz indescritível sobre suas feições desgastadas".
Após 12 dias de corrida, Booth foi localizado e encontrado em uma fazenda na Virgínia, cerca de 110 km ao sul de Washington. Depois de se recusar a se render às tropas da União, Booth foi morto pelo sargento Boston Corbett em 26 de abril.
