O navio deixou Ushuaia, Argentina em 11 de novembro de 2007, em um cruzeiro de 19 dias destinado a traçar a rota do explorador do século 20 Ernest Shackleton através da Passagem Drake (uma área tipicamente tempestuosa com mares agitados). Após visitar as Ilhas Malvinas e a Ilha Geórgia do Sul, o explorador atingiu um objeto submerso não identificado no Estreito de Bransfield, próximo à Ilha King George no Oceano Antártico, perto das Ilhas Shetland do Sul, em 23 de novembro de 2007. O objeto atingido pelo Explorer causou um buraco de 10 por 4 polegadas (25 × 10 cm) no lado de bombordo do navio (lado esquerdo), o que permitiu a entrada de água do mar no navio.
Um passageiro informou que havia água do mar na cabine por volta das 03h00 UTC. Embora alguns relatos indiquem que não houve nenhum impacto perceptível, ou pelo menos nada mais que o normal esmagamento de gelo experimentado ao navegar em águas geladas, outros relatos dizem que houve um estrondo estrondoso. Alguns relatos também indicam que o navio se afundou em um iceberg no lado de estibordo do Explorer enquanto a tripulação avaliava os danos causados pelo impacto original a bombordo do navio.
Uma chamada de socorro foi feita pelo navio às 04:24 UTC, e as operações de resgate foram rapidamente coordenadas pela Prefectura Naval (Guarda Costeira) da República Argentina, e pelo Centro de Busca e Salvamento da Marinha do Chile. O Chile enviou o quebra-gelo Almirante Viel, e navios comerciais próximos, incluindo o MN Ushuaia, o National Geographic Endeavor e o navio Norwegian Coastal Express MS Nordnorge que estava operando como navio de cruzeiro de passageiros na época. Às 07:30 UTC, todos os 91 passageiros, 9 guias e 54 tripulantes, de mais de 14 países, deixaram o navio e foram levados para as jangadas salva-vidas, onde se deslocaram por três a quatro horas, até serem pegos pelo navio norueguês MS Nordnorge que chegou ao local às 10:00 UTC. Acredita-se que o Explorer tenha afundado por volta das 19:00 UTC. Coincidentemente, no início de 2007, o MS Nordnorge estava envolvido em outro resgate na Antártida quando evacuou 294 passageiros de um navio irmão, o MS Nordkapp, quando o Nordkapp encalhou na Ilha Deception, uma parte deste mesmo remoto arquipélago das Ilhas Shetland do Sul.
Alguns dos resgatados pelo desfiladeiro Nordnorge foram levados para a estação chilena Eduardo Frei Montalva, na ilha King George. Mais tarde foram pilotados por aviões de transporte Hércules C-130 da Força Aérea Chilena para Punta Arenas, Chile, em dois vôos separados no sábado, 24 de novembro, e no domingo, 25 de novembro de 2007. Aproximadamente 70 dos sobreviventes foram levados para a Base de Artigas do Uruguai. O Explorer afundou dentro de 20 horas depois de ter atingido um objeto submerso desconhecido, que se dizia ser gelo.
