O Guede foi submetido a julgamento na Itália em outubro de 2008. Ele foi considerado culpado e enviado para a prisão por 30 anos.
Knox e Sollecito também foram levados a julgamento. Sollecito foi enviado à prisão por 25 anos e Knox por 26 anos. Ambos apelaram de suas sentenças.
Os promotores disseram que Guede, Knox e Sollecito mataram Kercher juntos. Os advogados da Knox e Sollecito disseram que Guede a matou sozinha, despiu-se e moveu o corpo horas depois. Em junho-novembro de 2009, seus advogados apresentaram provas e testemunhas para apoiar a teoria do "lobo solitário", de que Guede matou Kercher e depois se despiu e moveu seu corpo para longe da janela de seu quarto na casa onde ela morava com Knox.
Guede havia afirmado que havia sido convidado para sua casa, como um encontro planejado com Kercher no Halloween. Enquanto estava em casa dela, ele alegou ter ficado doente e, enquanto estava no banheiro, ouviu um grito alto. Em sua história, Guede alegou ter visto um italiano de cabelos castanhos segurando uma faca, sobre Kercher, no chão do quarto dela. Ele então alegou que o homem lutou com ele, e fugiu de casa, dizendo em italiano perfeito, "Trovato negro, trovato colpevole" ("achado negro, achado culpado"). Guede disse que tentou ajudar Kercher, pois ela estava sangrando rapidamente, mas ele ficou assustado e fugiu de casa, sem chamar a polícia ou ninguém para pedir ajuda. Guede havia dito às autoridades que Kercher estava totalmente vestida quando ela foi esfaqueada, e ele a deixou com a colcha e o travesseiro na cama dela. Entretanto, testemunhas e especialistas do CSI, da Polícia Forense em Roma, apresentaram provas que contradiziam a história de Guede sobre aquela noite:
· Guede alegou que Kercher se encontrou com ele no Halloween, mas seus amigos testemunharam que eles tinham ido festejar com ela, e nenhum deles a viu falando com Guede.
· Guede alegou que Kercher estava totalmente vestida quando foi esfaqueada, mas manchas de sangue em sua pele indicavam que sua camiseta foi puxada acima do sutiã quando ela foi esfaqueada.
· Guede alegou que o travesseiro branco permaneceu na cama, mas foi encontrado debaixo do corpo, marcado com sua marca de sapato esquerdo (de tênis Nike Outbreak 2) e sua marca de palma no sangue.
· Guede alegou que não voltou a se despir e mover o corpo, mas o sutiã e a tira de sutiã cortada tinham DNA correspondente ao perfil genético do DNA de Guede, também em seu corpo e bolsa.
· Guede alegou não ter quebrado a janela do andar de cima no terceiro quarto, mas apenas 5 dias antes, ele tinha sido pego depois do horário comercial em uma escola de Milão, com um laptop e um telefone celular roubado de um escritório de advocacia arrombado com uma pedra quebrando uma janela do andar de cima.
· Guede alegou não ter esfaqueado Kercher, mas quando foi pego dentro da escola de Milão, em 27 de outubro de 2007, a polícia local revistou sua mochila e encontrou uma faca de cozinha roubada da cozinha da escola.
No julgamento de Guede, o juiz e o júri não acreditaram nas reivindicações de Guede, e o condenaram pelo assassinato. Ele tinha sido pego porque sua impressão da palma da mão no travesseiro correspondia ao seu arquivo policial, incluindo o incidente na escola de Milão, quando a polícia de Milão o havia libertado apenas 5 dias antes do assassinato. Guede foi condenado a 30 anos de prisão, mas isso foi reduzido para 16 anos após seu primeiro julgamento de recurso.
Em um julgamento separado, tanto Knox como Sollecito foram julgados pelo assassinato, mas as provas eram muito menores do que com Guede. Nenhuma testemunha testemunhou que tinha visto ou ouvido Knox ou Sollecito entrar ou sair de casa naquela noite. Além disso, as pequenas quantidades de DNA que os ligavam ao assassinato estavam em quantidades tão baixas que poderiam ser consideradas contaminação, e quantidades tão pequenas de DNA são inadmissíveis durante os julgamentos nos tribunais penais britânicos ou dos EUA. Embora tivessem sido encontradas numerosas pegadas de sapatos que combinavam com o sapato Nike da Guede, não havia pegadas de sapatos que combinassem com qualquer um dos sapatos que a polícia havia tirado das casas da Knox e Sollecito. As principais questões sobre eles eram que eles diziam coisas que pareciam suspeitas:
· Knox havia escrito uma declaração, durante o interrogatório policial, na qual se lembrava vagamente de ter ido à casa com seu chefe de trabalho, mas achava que era uma falsa memória, sugerida sob pressão policial.
· Knox testemunhou que a polícia, no quarto dia de perguntas, a manteve acordada a noite toda, sem comida, depois gritou, bateu nela e ameaçou colocá-la na prisão por 30 anos, a menos que ela nomeasse alguém. No entanto, a polícia testemunhou que não a intimidaram e que Knox começou a chorar e confessou estar na casa.
· No dia em que o corpo foi descoberto, quando a polícia postal chegou, Knox e Sollecito disseram que haviam chamado a polícia, mas os registros telefônicos indicam que a chamada foi feita alguns minutos depois, não antes da chegada deles.
· Sollecito, ao chamar a polícia, disse que tinha havido um arrombamento sem que nada tivesse sido levado, mesmo que os outros companheiros de casa não tivessem voltado para contar seus pertences.
· Ambos alegaram ter passado a noite em sua casa de dois andares, mas não puderam confirmar o que o outro estava fazendo lá embaixo, ou se algum deles tinha saído.
· Sollecito disse à polícia que seu pai o havia chamado em casa por volta das 23 horas.
Como nenhuma outra testemunha pôde confirmar a permanência do casal em sua casa, durante o assassinato na casa da Knox, ambos foram enviados a julgamento. As provas contra eles eram muito limitadas:
· Um homem, Hekuran K., alegou ter visto os três em uma rua chuvosa perto da casa naquela noite, e havia discutido com eles, mas a chuva havia estado no Halloween, ao invés disso, na noite anterior. Quando perguntado como ele sabia a que horas discutiam, ele disse que verificou o relógio do carro, mas notou que ele estava quebrado. Quando perguntado se ele havia conversado com os repórteres, ele disse que não, então sim.
· Outra testemunha, um sem-teto, Antonio C. disse que viu Knox e Sollecito falando numa praça da cidade próxima à casa naquela noite, às 23:30h, cronometrada por um relógio próximo, mas em sua declaração original, ele havia dito que outras pessoas próximas estavam usando máscaras, como no Halloween, na noite anterior.
· Os registros do computador mostram que o computador de Sollecito estava sendo usado às 21h10 e ele morava a pelo menos 10 minutos da praça da cidade.
· Um especialista em impressões digitais alegou que uma impressão de sapato no travesseiro da cama era do tamanho da Knox, mas o padrão não correspondia a nenhum de seus 22 sapatos, e quando o travesseiro estava dobrado, essa impressão de sapato combinava exatamente com os sapatos Nike da Guede.
· Uma pegada parcial de sangue no tapete de banho próximo foi considerada compatível com o pé de Sollecito, mas especialistas testemunharam que era tão vaga que também combinava com o pé de Guede.
· Não foram encontrados pêlos, fibras de vestuário, pele ou impressões digitais da Knox ou Sollecito no quarto da Kercher.
· Nenhuma roupa manchada de sangue, sapatos ou facas foi encontrada em qualquer uma de suas casas, ou no carro do Sollecito.
· Uma faca retirada da cozinha da Sollecito, com o DNA da Knox no cabo, foi considerada compatível com um traço de DNA da Kercher perto da ponta, mas a faca era muito grande para ter feito duas das três facadas, e deu negativo para qualquer resíduo de sangue em qualquer lugar.
Quando Knox foi condenado no primeiro julgamento, o veredicto foi questionado por alguns como "antiamericanismo", mas Sollecito também foi condenado ao mesmo tempo.
