A história deveria ter ocorrido em meados do século XIV em Gênova. Gênova (em italiano: Genova) é hoje uma cidade na Itália, mas naquela época a Itália ainda não era um país, e Gênova, como Veneza, era uma pequena república, governada por um Doge (pronuncia-se "Doadz" em inglês. É uma palavra italiana que significa "duque"). Até a época desta história, o Doge sempre havia sido escolhido entre um dos patrícios ricos. As pessoas comuns e comuns (os plebeus), não podiam ser escolhidas para ser o Doge.
No início da história, Fiesco é o Doge de Gênova. Ele tem uma filha, Maria. Maria se apaixonou por Simon Boccanegra que é plebeu, por isso ele não seria suficientemente importante para poder se casar com ela, mesmo que ele se tenha tornado um herói porque lutou contra muitos piratas. Simon e Maria tiveram um filho, uma menina. Depois que ela nasceu, foi dada a uma mulher idosa para cuidar, mas um dia a mulher idosa morreu e a criança pequena se desviou sozinha. Ela foi encontrada vagando à beira-mar pelo Conde Grimaldi que a levou e cuidou dela como se ela fosse sua própria filha.
Ninguém sabe o que aconteceu com a criança. O Conde Grimaldi não sabe quem ela é. Ele pensa que ela é uma órfã.
Prólogo
Quando a ópera começa, Paolo, líder do partido plebeu, convence Pietro a encorajar os plebeus a votar em Simon Boccanegra como o novo doge de Gênova. Boccanegra chega e concorda que ele seria um doge se fosse escolhido. Simon pensa que isto faria com que Fiesco o permitisse casar com Maria. Nos últimos três meses, Fiesco trancou sua filha no palácio porque ela tinha tido um filho com Simon.
Maria morre (nunca a vemos na ópera). Fiesco agora lamenta a morte de sua filha. Simon implora a Fiesco que o perdoe. Fiesco não lhe diz que Maria acabou de morrer. Ele promete perdoar-lhe somente se Simon o deixar ter sua neta. Simon explica que não pode porque a criança desapareceu. Ele entra no quarto de Maria e descobre que ela está morta. O povo canta alegremente porque Simon é o novo Doge.
Ato 1
A história do Ato I se passa 25 anos depois. Simon ainda é o Doge. Ele mandou muitos de seus inimigos para o exílio e tirou seus bens. O Conde Grimaldi é uma das pessoas que foram exiladas. No castelo de Grimaldi, Fiesco está se chamando Andrea Grimaldi para que as pessoas não saibam quem ele é. Ele está tramando com os inimigos de Simon para derrubá-lo. Ele não sabe que sua neta (a filha de Simon) é a jovem chamada Amelia Grimaldi que está vivendo no castelo.
No início do Ato, vemos Amelia cantando uma bela canção sobre a manhã e o mar e as estrelas. Ela tem um amante, Gabriele Adorno. Quando ele chega, ela o adverte sobre os perigos da conspiração política. A notícia é que o Doge está chegando. Amelia está preocupada que o Doge a faça casar com Paolo, então ela pede a Gabriele que peça a Andrea (que na verdade é Fiesco) permissão imediata para que eles se casem. Fiesco concorda. Ele diz a Gabriele que ela era uma pobre órfã que havia sido encontrada (ele não percebe que é sua neta). Gabriele diz que não se importa com isso, portanto, Fiesco abençoa o casamento.
Simon entra. Ele lhe diz que o Conde Grimaldi é perdoado e pode voltar para casa. Ele lhe pergunta se ela gostaria de se casar com Paolo, mas ela recusa. Ela lhe diz que é órfã e lhe mostra um medalhão com uma foto de sua mãe. Simon percebe que Amelia é sua filha há muito perdida. Eles estão muito felizes por terem encontrado um ao outro. Quando Paolo entra, Simon lhe diz que não pode se casar com ela. Paolo fica furioso e decide seqüestrar Amelia.
Na cena seguinte vemos Simon cercado pelos membros plebeus e patrícios de seu Conselho. Eles estão discutindo se devem fazer as pazes com a República de Veneza. De repente, uma multidão entra gritando pela morte de Simon. Eles estão perseguindo Gabriele. Gabriele confessa que matou Lorenzino por tentar sequestrar Amelia. Quando Lorenzino estava morrendo, ele disse que tinha sido avisado por uma pessoa importante para sequestrá-la. Adorno adivinha que Simon deve ter ordenado o seqüestro. Ele está prestes a atacá-lo quando Amelia se apressa e pára a luta, Simon prende Gabriele. Ele percebe que Paolo deve ser o verdadeiro seqüestrador e faz com que todos (inclusive Paolo) o amaldiçoem. Simon e sua filha são deixados sozinhos no palco, no final do ato.
Ato 2
Paolo está assustado. Ele está furioso com Simon e decide que deve envenená-lo. Fiesco e Gabriele são trazidos para dentro. Ele diz ao Fiesco que pode ser livre se ele assassinar Simon. Fiesco se recusa. Assim que Fiesco e Gabriele estão prestes a sair, Paolo pergunta a Gabriele se ele sabe que Amelia está aqui no palácio tendo um caso com Simon. Gabriele está furioso. Quando Amelia entra, ela nega a história. Ela diz a Gabriele que o ama e tenta convencê-lo a sair, mas Simon está chegando e Gabriele se esconde.
Amelia diz a Simon que ela morreria por Gabriele. Simon concorda em perdoá-lo. Ele bebe de um copo de vinho envenenado, que Paolo havia colocado sobre a mesa, e adormece. Gabriele tenta matá-lo, mas Amelia o detém. Simon acorda. Ele diz a Gabriele que Amelia é sua filha. Gabriele pede perdão a Simon e promete que vai lutar por ele.
Ato 3
Isto acontece em uma grande sala que olha para o porto. Fiesco foi libertado, mas Paolo está condenado à morte por liderar a revolta contra o Doge. Paolo diz ao Fiesco que ele envenenou Simon. Fiesco vai até Simon, que agora está morrendo (o veneno está trabalhando lentamente). Simon reconhece seu velho inimigo, que ele pensava estar morto. Ele está feliz em dizer-lhe que Amelia é sua neta há muito perdida. Fiesco sente-se terrivelmente triste e conta a Simon sobre o veneno. Gabriele e Amelia acabam de se casar. Eles encontram seu pai e seu avô agora são amigos. Simon pede que Gabriele seja o próximo Doge quando ele morrer. Fiesco vai até a janela e anuncia à multidão que Gabriele Adorno é agora o novo Doge e que Simon Boccanegra está morto.
