Kuzco (David Spade) é um imperador sul-americano egoísta e malcriado, que vive a vida alta e castiga aqueles que o ofendem. Ele convoca Pacha (John Goodman), o líder de uma aldeia local, e lhe diz que pretende construir para si um luxuoso resort chamado Kuzcotopia, destruindo a aldeia. Pacha tenta protestar, mas é demitido. Enquanto isso, Yzma (Eartha Kitt), o velho conselheiro de Kuzco, que está zangado por ele tê-la demitido, decide vingar-se do imperador para que ela possa assumir o trono. Ela e seu lacaio Kronk (Patrick Warburton), com seus músculos, mas sem jeito, organizam um jantar para Kuzco, onde planejam envenená-lo, mas o plano vai mal quando o imperador é transformado em lhama.
Depois de deixá-lo inconsciente, Yzma ordena que Kronk se desfaça de Kuzco. Ele o faz e joga seu corpo inconsciente em um rio, mas muda de idéia, e o salva no último segundo, perdendo-o acidentalmente no carrinho de Pacha. Quando chega à aldeia, Kuzco acorda e ordena a Pacha que o devolva ao palácio. Pacha concorda, mas somente se ele construir seu resort em outro lugar. Kuzco recusa e, contra os avisos de Pacha, decide viajar de volta ao palácio por conta própria, mas acaba perdido na selva onde é quase morto por panteras negras e é resgatado por Pacha. Enquanto isso, Yzma toma o controle do império, mas quando ela descobre que Kuzco sobreviveu, ela e Kronk o procuram.
Kuzco aparentemente concorda com as exigências de Pacha, mas durante a viagem ao palácio, os dois lutam em uma ponte em queda quando Kuzco revela que ainda pretende destruir o vilarejo. Trabalhando juntos, os dois escalam para fora do vale, após o colapso da ponte. Durante sua busca, Yzma e Kronk acabam na selva e tomam direções de Bucky, um esquilo que Kuzco havia encontrado antes.
Kuzco e Pacha chegam a um restaurante à beira da estrada; desconhecidos para eles, Yzma e Kronk os seguiram até lá. Enquanto Kuzco reclama com o chef, Pacha escuta o plano de Yzma e tenta avisar Kuzco que ela está planejando matá-lo; no entanto, ele se recusa a ouvir, convencido de que Yzma é leal a ele, e revela que planeja voltar atrás em sua palavra e destruir a vila de Pacha. Quando ele a ensaia planejando matá-lo devido ao seu egoísmo, ele deixa o restaurante por conta própria e se entrega a viver sua vida como uma lhama normal, antes de se reunir e se reconciliar com Pacha. Quando os dois retornam a sua casa para buscar mantimentos, descobrem que Yzma e Kronk chegaram, procurando por eles.
Pacha tem sua família distraindo Yzma e Kronk, dando a ele e a Kuzco uma vantagem enquanto viajam ao palácio para encontrar uma poção para reverter os efeitos da maldição; no entanto, eles são emboscados por Yzma e Kronk, que de alguma forma os espancaram até o palácio. Quando Yzma ordena a Kronk que mate os dois, ele hesita, incitando-a a insultá-lo e à sua cozinha, incitando-o a traí-la, mas ela o deixa cair por um alçapão. Yzma então convoca os guardas do palácio, que são transformados em animais, enganando-os a pensar que assassinaram Kuzco, forçando o casal a fugir com um braço cheio de poções (Yzma os derrubou intencionalmente no chão como forma de impedir que Kuzco e Pacha encontrassem o certo), e durante sua perseguição, Kuzco é transformado em vários animais. Quando a dupla é encurralada, Kuzco e Yzma lutam por cima dos frascos, esmagando um e transformando Yzma em um gato.
Kuzco e Pacha se unem para recuperar a poção, que Yzma arrebata, mas é derrubada por Kronk, que encontrou uma saída secreta. Pacha dá a poção a Kuzco, e ele é transformado novamente em um humano. Mais tarde, tendo percebido as conseqüências de seu egoísmo, leva a sugestão de Pacha de mover Kuzcotopia para uma colina vizinha. Mais tarde ele se junta a Pacha e sua família em um resort menor, e em outro lugar Kronk se torna um líder escoteiro, treinando um grupo de escoteiros, incluindo Yzma como um gato.
