Fiver, um coelho com um dom para ver o futuro, vivendo em Sandleford Warren, vê sua casa sendo destruída por um desenvolvedor de terras no futuro. Ele convence seu irmão, Hazel, a falar com o Coelho Chefe, Threarah sobre deixar a Warren, no entanto, o Coelho Chefe não tem intenção de partir. Hazel, Fiver e outros nove coelhos partiram então em busca de um novo lar (na época, meramente fora da base dos sonhos de Fiver, que um bom lar os espera em algum lugar distante).
Eles viajam por florestas, campos, sobre rios e estradas cheias de hrudus (carros) antes que o cansaço os obrigue a parar em uma árida encabeçada por um coelho chamado Cowslip. Depois de muito debate, os coelhos concordam em ficar na Cowslips warren. A raça warren, no entanto, sente-se errada para eles (especialmente Fiver) devido aos estranhos costumes do outro coelho.
Eles logo descobrem que as estranhas ações que os coelhos de Cowslip estão mostrando se devem ao fato de que eles estão sendo meramente alimentados e cuidados por um fazendeiro para que ele os mate, um por um, para a comida. Eles deixam a raça warren do Cowslip, embora Bigwig quase morra no caminho.
Eles continuam até chegarem ao local do Watership Down, uma colina alta que está longe do homem e cheia de boa alimentação e segurança. Depois de um ou dois dias em suas boas terras que Fiver lhes havia prometido, Hazel é nomeado o coelho chefe não-oficial de Watership Down. No entanto, Hazel percebe que não há (coelhos fêmeas) entre eles, e eles não podem ter uma raça saudável de coelhos sem o faz.
A Hazel resgata mais tarde uma grande gaivota chamada Kehaar, que foi ferida por um gato. Depois de cuidar do Kehaar de volta à saúde, Keharr concorda em ajudar os coelhos por enquanto, em troca de sua bondade para com ele. Após ser solicitado por Hazel para sair da área, Kehaar encontra um grande warren chamado Efrafa ao sul de sua posição. Depois de ouvir que Efrafa é grande e muito lotado, Hazel envia quatro coelhos para Efrafa para perguntar se eles poderiam trazer de volta algumas coisas para a sua raça warren.
No entanto, Efrafa, sendo uma grande guerrilheira com muitos coelhos, é fortemente controlada por um coelho chamado General Woundwort e seus grandes militares. Cada coelho é informado quando está autorizado a comer, dormir e muito mais. Nada acontece sem o consentimento do general, inclusive deixar a raça warren. Os quatro coelhos mal fogem após pregar uma partida a um Capitão Efrafan.
Ao mesmo tempo em que os quatro coelhos estão em Efrafa, Hazel lidera um pequeno grupo para analisar o relatório de Kehaar de que existe uma fazenda com alguns coelhos enjaulados, incluindo os que o fazem. Depois de alguns ataques, os coelhos da Watership quebram alguns coelhos enjaulados para fora da fazenda, mas Hazel é baleada na saída. Fiver tem uma visão onde a Hazel está, porém, e a Hazel é encontrada e devolvida à saúde.
Agora ouvindo como Efrafa está, a debilitada Hazel decide libertar os coelhos de Efrafa. Todos os coelhos da Watership viajam cuidadosamente até as bordas de Efrafa. Fingindo ser um coelho errante e sozinho, Bigwig se infiltra em Efrafa como um oficial de seu Owsla. Secretamente, no entanto, Bigwig está ajudando a fazer com que os coelhos ajudem na fuga. Ele encontra Hyzenthlay e Thethunninnang, dois que lhe dizem que, se ele tiver um plano de trabalho, eles e alguns outros coelhos tentarão a fuga com ele.
Depois de quase ter que combater o General Woundwort, Bigwig e o faz sair de Efrafa com a ajuda de Kehaar. É claro que esta fuga é notada pelos guardas, e logo o próprio General e seu pequeno exército pegam Bigwig e os coelhos fugitivos. Eles escapam apenas porque Kehaar ataca a Woundwort. A Woundwort continua perseguindo os coelhos até um riacho, e os coelhos fogem em um pequeno barco. Dois morrem a caminho do Watership Down, mas a maioria dos coelhos chegam lá com segurança.
Os coelhos estão contentes de ver os novos coelhos. Entretanto, um rato de campo avisa aos coelhos que o General Woundwort e uma pequena equipe de ataque estão chegando. O General então ataca os coelhos warren durante a noite enquanto os coelhos Watership se dirigem para suas tocas mais profundas, bloqueando os túneis em uma tentativa de segurar os Efrafans.
Enquanto estava em uma toca, Fiver desmaia à medida que muitas visões vêm a ele de uma só vez. Enquanto isso, Hazel, tem uma visão de como deter os Efrafans. Hazel diz a Bigwig para ficar lá e lutar e ele tira Blackberry e Dandelion da toca. O plano de Hazel é usar o cão na fazenda vizinha Nuthanger para derrotar os Efrafans.
O plano da Hazel funciona, no entanto Bigwig e Hazel estão feridos no processo. A Chaga Geral desaparece, para nunca mais ser vista de novo. O capitão Campion e os outros atacantes voltam para Efrafa, onde Campion se torna o coelho chefe.
Hazel vive uma longa vida como coelho chefe da Watership Down, enquanto sua águia se sai bem e é pacífica. Fiver se recupera e Bigwig se torna o respeitado capitão da guarda.
