História indígena
O primeiro povo a viver na área de Williamstown foi o clã Yaluki-willam do povo Kulin, um povo indígena australiano. Eles viveram e caçaram ao longo da costa de Werribee até Williamstown. Os Yalukit-willam faziam parte do Bunurong, um grupo linguístico de seis clãs ao longo da costa, desde o rio Werribee, até a Península Mornington, Western Port Bay e Wilsons Promontory. Eles comiam peixes com casca, pássaros, peixes, enguias, ovos, cobras, cangurus e gambás que eram encontrados em suas terras. Eles chamavam Williamstown, "koort-boork-boork", ("She-oak, She-oak, many") que significa "muitas she-oaks", uma árvore nativa. O chefe da tribo Yalikut-willam na época da chegada dos primeiros colonos brancos era Benbow. Ele se tornou um guia para John Batman, o primeiro europeu a se estabelecer em Melbourne.
O número de indígenas diminuiu rapidamente depois de 1835 por causa de doenças como a febre tifóide. Com o racismo e a perda das terras de caça, era impossível para eles manter seu estilo de vida tradicional.
Exploração e colonização
O primeiro europeu a chegar a Williamstown foi o Tenente-Chefe Robbins, que explorou Point Gellibrand em 1803. A foz do rio Yarra foi mais tarde explorada em maio e junho de 1835 por John Batman. Ele pensou que a área agora chamada Melbourne seria um bom local de assentamento. O local de Williamstown ele deu o nome de Port Harwood, em homenagem ao capitão de um de seus navios.
Em novembro de 1835, o Capitão Robson Coltish, do barquinho Norval navegou de Launceston, com uma carga de 500 ovelhas e 50 bovinos Hereford. O Capitão Coltish escolheu a área agora conhecida como Port Gellibrand, como um lugar pateta para descarregar sua carga. Em poucas semanas, muitos navios começaram a cruzar o Estreito de Bass. Por causa do porto abrigado, muitas pessoas decidiram se estabelecer na área imediata.
O governador Richard Bourke e o capitão William Lonsdale visitaram o novo assentamento em Port Phillip Bay em 1837. Ambos pensaram que o assentamento principal seria na foz do rio. Eles deram-lhe o nome de William's Town, em homenagem ao rei, William IV. Foi o primeiro porto de Melbourne e porto do distrito de Port Phillip até o final do século XIX.
William's Town foi nomeado em homenagem ao rei e Melbourne foi nomeada em homenagem ao primeiro-ministro britânico Lord Melbourne. Isto fez as pessoas acreditarem que a Cidade de Guilherme seria a capital da nova colônia. As primeiras ruas da antiga cidade de Guilherme foram dispostas em 1837 com isso em mente. Mas a falta de água doce na cidade de William significava que se tornou necessário mudar o centro da cidade para o interior de Melbourne.
A primeira venda de terrenos foi realizada em 1837. Os condenados construíram um píer de pedra de 30 metros em 1838. É aqui que a Gem Pier se encontra agora. Nesse mesmo ano, foi iniciado um serviço de balsa entre Melbourne e Williamstown. O vapor 'Fire Fly' transportava passageiros, ovelhas e gado da Tasmânia. Em 1839, Williamstown tinha um píer e lojas do governo construídas por condenados. A parte principal da cidade estava centrada em Nelson Place. Cerca de 100 edifícios foram construídos, incluindo dois hotéis, o Ship Inn e o Woolpack. O primeiro cemitério em Victoria foi iniciado em Point Gellibrand.
O primeiro farol, feito de madeira com uma luz de queima de óleo no topo, foi construído em Point Gellibrand em 1840. Nesse mesmo ano foi nomeado um superintendente da Polícia da Água para Williamstown (e Williamstown é a atual casa da Polícia da Água de Victoria).
Em 1841, o censo dizia que havia cerca de 259 pessoas vivendo em Williamstown. Acredita-se que houvesse muitas mais. Havia três hotéis em Williamstown em 1841 e a maioria dos homens trabalhava no porto. Sendo um porto movimentado, havia numerosas casas de hospedagem e uma população em constante mudança. Nos anos de 1842 e 1843 houve uma recessão econômica e a população de Williamstown diminuiu.
Em 1842, a chegada do navio Manilus jogou a pequena colônia em um frenesi. Quarenta e cinco dos 243 passageiros do navio haviam morrido de febre amarela durante a viagem desde as costas da Escócia. Os doentes foram levados para um acampamento de quarentena rapidamente construído. Os que morreram foram enterrados em um cemitério improvisado.
Também em 1842, a St Mary's School (a mais antiga escola católica em funcionamento contínuo em Victoria) foi iniciada em uma pequena capela de madeira com um telhado de telha de madeira. O Sr. John Wilson foi o primeiro professor/principal. Os registros mais antigos mostram que havia seis meninos e oito meninas em julho de 1844.
Em 1847 foi construído o Steamboat Pier e uma alfândega permanente foi montada. A polícia da água e os oficiais da alfândega permaneceram aqui até que o Melbourne Harbour Trust desenvolveu canais fluviais mais próximos ao CDB de Melbourne nos anos 1890.
Um farol de pedra azul foi construído em 1849-50 para substituir o de madeira. Ele só funcionou como um farol até 1860, quando foi construído um Pile Light e ancorado ao largo de Shelly Beach. Foi então usado como uma torre de bola de tempo.
