O funeral de Aaliyah foi realizado em 31 de agosto de 2001, na Igreja de Santo Inácio Loyola, em Manhattan. Seu corpo foi colocado em um caixão de prata, que foi transportado em um carro funerário de vidro e foi desenhado por um cavalo. Cerca de 800 lamentadores assistiram à procissão. Entre os presentes à cerimônia privada estavam Missy Elliott, Timbaland, Gladys Knight, Lil' Kim e Sean Combs. Após a cerimônia, 22 pombas brancas foram soltas para simbolizar cada ano da vida de Aaliyah. Ela foi enterrada em uma cripta em uma sala privada no Mausoléu de Rosewood no cemitério de Ferncliff.
Na semana após a morte de Aaliyah, seu terceiro álbum de estúdio, Aaliyah, subiu do número 19 para o número 1 no Billboard200. "Rock the Boat" foi lançado como um single póstumo. O vídeo musical estreou no BET's Access Granted; tornou-se o episódio mais visto e mais bem classificado da história do programa. A música atingiu o número 14 na BillboardHot 100 e o número dois na Billboard Hot R&B/Hip-Hop Songs chart. Também foi incluída no Now That's What I Call Music! 8 séries de compilação; uma parte dos lucros do álbum foi doada para o Aaliyah Memorial Fund. Os dois seguintes singles da Aaliyah, "More than a Woman" e "I Care 4 U", atingiram o pico no top 25 do Hot 100 da Billboard. O álbum foi certificado duplamente Platina pela RIAA e vendeu 2,95 milhões de cópias nos Estados Unidos. "More than a Woman" alcançou o número um na tabela de solteiros do Reino Unido, fazendo de Aaliyah a primeira artista falecida a alcançar o número um na tabela de solteiros do Reino Unido. "More than a Woman" foi substituído por "My Sweet Lord" de George Harrison, que é a única vez na história da carta individual britânica em que um artista morto substituiu outro artista morto no número um.
Ela ganhou dois prêmios póstumos no American Music Awards de 2002; Artista Feminina Favorita de R&B e Álbum Favorito de R&B/Soul para Aaliyah. Seu segundo e último filme, Queen of the Damned, foi lançado em fevereiro de 2002. Antes de seu lançamento, o irmão de Aaliyah, Rashad, rebatizou algumas de suas falas durante a pós-produção. Ela faturou US$ 15,2 milhões em seu primeiro fim de semana, ficando em primeiro lugar na bilheteria. No primeiro aniversário da morte de Aaliyah, uma vigília à luz de velas foi realizada na Times Square, onde milhões de fãs observaram um momento de silêncio. Em todos os Estados Unidos, estações de rádio tocaram sua música em recordação. Em dezembro de 2002, uma coleção de material inédito foi lançada como o primeiro álbum póstumo de Aaliyah, I Care 4 U. Uma parte da renda foi doada ao Aaliyah Memorial Fund, um programa que beneficia o Revlon UCLA Women Cancer Research Program e o Harlem's Sloan Kettering Cancer Center. Ele estreou em número três no Billboard200, vendendo 280.000 cópias em sua primeira semana. O single principal do álbum, "Miss You", atingiu o número três na BillboardHot 100 e encabeçou a tabela Hot R&B/Hip-Hop Songs. Em agosto do ano seguinte, o varejista de roupas Christian Dior doou os lucros das vendas em homenagem a Aaliyah.
Aaliyah foi assinada para aparecer em vários filmes futuros, incluindo Honey (reformulado para Jessica Alba). Alguns Kind of Blue e um remake do filme Sparkle de 1976, produzido pela Whitney Houston, foram cancelados devido à morte de Aaliyah. Antes de sua morte, Aaliyah havia filmado parte de seu papel em The Matrix Reloaded e estava programado para aparecer em The Matrix Revolutions como Zee. O papel foi posteriormente reformulado para Nona Gaye. As cenas de Aaliyah foram mais tarde incluídas na seção de tributo da série Matrix Ultimate Collection.
Em 2005, o segundo álbum de compilação da Aaliyah, Ultimate Aaliyah foi lançado no Reino Unido pela Blackground Records. Ultimate Aaliyah é um conjunto de três discos, que incluiu um CD de áudio e um DVD com os maiores sucessos. Andy Kellman da Allmusic comentou: "Ultimate Aaliyah representa adequadamente a curta carreira de um tremendo talento que se beneficiou de alguns dos melhores trabalhos de composição e produção de Timbaland, Missy Elliott, e R. Kelly". Um documentário Aaliyah Live in Amsterdam foi lançado em 2011, pouco antes do décimo aniversário da morte de Aaliyah. O documentário, de Pogus Caesar, continha filmagens inéditas de seu início de carreira em 1995, quando ela estava aparecendo na Holanda.
Em 2012, o produtor musical Jeffrey "J-Dub" Walker via twitter disse: "Acabei de receber ótimas notícias hoje; a música não lançada chamada "Steady Ground" que produzi em #Aaliyah vai estar no seu próximo álbum". Walker co-escreveu "I Recuse" e "What if" do terceiro álbum auto-intitulado de Aaliyah e produziu a canção "Steady Ground" para seu álbum 'One in a Million'. Este segundo álbum póstumo proposto caracterizaria esta canção usando vocais de demonstração, já que Walker afirma que os originais foram de alguma forma perdidos por seu engenheiro de som. Entretanto, o tweet original de Walker anunciando este evento foi retirado desde então, e o irmão de Aaliyah, via Twitter, declarou que "nenhum álbum oficial [está] sendo lançado e apoiado pela família Haughton".