Shinya Yamanaka (nascida em 4 de setembro de 1962 em Osaka) é uma médica japonesa. Ele recebeu o Prêmio Nobel de Fisiologia ou Medicina para 2012 com John Gurdon. Ele ganhou o Wolf Prize in Medicine em 2011 com Rudolf Jaenisch; e o Millennium Technology Prize em 2012 junto com Linus Torvalds.

Ele pesquisa as células-tronco adultas. Ele é diretor do Centro de Pesquisa e Aplicação de Células iPS e professor no Instituto de Ciências Médicas de Fronteira da Universidade de Kyoto. Ele também é investigador sênior nos Institutos J. David Gladstone afiliados à UCSF em São Francisco, Califórnia; e professor de anatomia na Universidade da Califórnia, São Francisco (UCSF). Yamanaka é também o atual presidente da Sociedade Internacional para Pesquisa de Células-Tronco (ISSCR).