Thomas Hunt Morgan (25 de setembro de 1866 - 4 de dezembro de 1945) foi um geneticista e embriologista americano. Morgan fez seu doutorado na Universidade Johns Hopkins em 1890, e pesquisou embriologia enquanto estava no Bryn Mawr College.
Após a redescoberta da herança Mendeliana em 1900, Morgan mudou suas pesquisas para a Drosophila melanogaster, a mosca da fruta. Em 1904, E.B. Wilson convidou Morgan para se juntar a ele na Universidade de Columbia. Esta mudança liberou Morgan para concentrar-se totalmente no trabalho experimental. Em sua famosa Fly Room na Columbia, Morgan conseguiu mostrar que os genes são carregados em cromossomos e são a base mecânica da hereditariedade. Estas descobertas formaram a base da ciência moderna da genética.
Morgan mudou-se para a Califórnia em 1928 para dirigir a Divisão de Biologia do Instituto de Tecnologia da Califórnia (CalTech). A pesquisa estava focada em genética e evolução; embriologia experimental; fisiologia; biofísica e bioquímica.
Ele recebeu o Prêmio Nobel de Fisiologia ou Medicina em 1933. Foi o primeiro dado pela genética, por suas descobertas a respeito do papel desempenhado pelo cromossomo na hereditariedade. O prêmio não foi compartilhado com o principal pesquisador do laboratório, Alfred Sturtevant, uma decisão do Comitê Nobel que certamente foi controversa.
O trabalho inicial de Morgan com Drosophila foi nas associações conhecidas como "acoplamento" e "repulsão", descobertas por trabalhadores ingleses em 1909 e 1910 usando o Sweet Pea. Estes eram, na realidade, o mesmo fenômeno, que mais tarde foi chamado de "acoplamento". Os primeiros trabalhos de Morgan tratavam da demonstração da ligação sexual do gene para olhos brancos na mosca, sendo a mosca masculina heterogênea (XY).
Durante sua distinta carreira, Morgan escreveu 22 livros e 370 trabalhos científicos e, como resultado de seu trabalho, Drosophila tornou-se o principal 'organismo modelo' em genética. A Divisão de Biologia que ele iniciou no Instituto de Tecnologia da Califórnia produziu sete ganhadores do Prêmio Nobel.