A região de Bourgogne-Franche-Comté é a sexta maior região da França, com uma área de 47.783,3 km2 (18.449 m²). Está situada no nordeste da França e faz fronteira ao norte com a região Grand Est, a oeste com as regiões de Île-de-France e Centre-Val de Loire, ao sul com a região de Auvergne-Rhône-Alpes, e ao leste com a Suíça (os cantões de Vaud, Neuchâtel e Jura).
As distâncias de Besançon, a capital da região, para outras cidades são:
- Paris, a capital nacional, 410 km (255 mi);
- Bordeaux, 729 km (453 mi);
- Toulouse, 762 km (473 mi);
- Marselha, 538 km (334 mi);
- Lyon, 227 km (141 mi);
- Montpellier, 523 km (325 mi);
- Nice, 694 km (431 mi).
Rios
Os principais rios da região são o Saône e seu afluente, o Doubs. O rio Loire corre através do sudoeste da região, em Nevers. O rio Sena começa no departamento da Côte-d'Or.
Montanhas
Existem três principais cadeias de montanhas na região:
- As montanhas Vosges estão no nordeste da região e seu ponto mais alto em Bourgogne-Franche-Comté é Ballon de Servance, 1.216 m (3.990 pés) de altura.
- As montanhas do Jura estão ao longo dos limites orientais; aqui está o Crêt Pela, o ponto mais alto em Bourgogne-Franche-Comté com 1.495 m (4.905 pés).
- As montanhas Morvan estão no centro da parte oeste; o ponto mais alto é Haut-Folin, 901 m de altura.
O Crêt Pela (46°24′50″N 6°1′19″E / 46,41389°N 6,02194°E / 46,41389; 6,02194 (Crêt Pela)), a 1.495 m (4.905 pés), é a montanha mais alta da região Bourgogne-Franche-Comté. Fica na cordilheira do Jura.
Os pontos mais altos dos diferentes departamentos da região de Bourgogne-Franche-Comté são:
| Departamento | Montanha | Elevação |
| Côte-d'Or | Mont de Gien | 721 m (2.365 pés) |
| Doubs | Mont d'Or | 1.461 m (4.793 pés) |
| Jura | Crêt Pela | 1.495 m (4.905 pés) |
| Nièvre | Mont Préneley | 855 m (2.805 pés) |
| Haute-Saône | Ballon de Servance | 1.216 m (3.990 pés) |
| Saône-et-Loire | Haut-Folin | 901 m (2.956 pés) |
| Yonne | Bois de la Pérouse | 607 m (1.991 pés) |
| Território de Belfort | Ballon d'Alsace | 1.247 m (4.091 pés) |