Entre Rouen e o mar, embarcações oceânicas de até 280 metros de comprimento e 150.000 toneladas de peso podem percorrer o Sena. Esta seção do rio tem um comprimento de cerca de 120 quilômetros (75 milhas). Navios com calado de até 10 metros podem circular. Calado é uma palavra que descreve a altura da parte de um navio que está abaixo da linha de água. Há três pontes nesta seção. Elas podem ser levantadas. O calado máximo de ar (ou altura acima da linha d'água) de um navio é de 50 metros (160 pés). Como há poucas brigas, o rio pode ser atravessado por balsa, em locais diferentes. O porto de Rouen é um porto marítimo importante na França; é o porto mais importante da Europa para cereais e o porto mais importante da França para farinha e fertilizantes. Mesmo que o porto de Le Havre seja mais importante para o petróleo, o de Rouen ainda é importante. Cerca de 25 milhões de toneladas de produtos são movimentadas pelo porto de Rouen a cada ano.
O curso do rio foi corrigido entre Rouen e Paris, no século XIX. Há sete comportas. Barcaças com mercantilização, de uma capacidade de até 350 t podem circular. A dimensão da eclusa determina a dimensão máxima do navio. Quando a maioria dos canais foi construída na França, o senhor para obras públicas, Charles de Freycinet determinou o comprimento máximo das eclusas. Como resultado, a dimensão máxima do navio é de 38,5 metros (126 pés) por 5,05 metros (16,6 pés), com um calado de 2,5 metros (8 pés 2 pol.). No caso dos canais franceses, o calado máximo é de 1,8 metros (5 pés 11 pol.). A carga de um peniche é aproximadamente a de dez caminhões ou oito vagões ferroviários. Outros tipos de navios que podem circular têm uma capacidade de 800 toneladas (790 toneladas longas; 880 toneladas curtas) a 1.350 toneladas (1.330 toneladas longas; 1.490 toneladas curtas). Os cargueiros com comprimento entre 40 metros (130 pés) a 70 metros (230 pés) e podem transportar entre 3.000 toneladas (3.000 toneladas longas; 3.300 toneladas curtas) e 10.000 toneladas (9.800 toneladas longas; 11.000 toneladas curtas) de carga. Outros navios incluem navios fluviais que podem transportar até 4.000 toneladas (3.900 toneladas longas; 4.400 toneladas curtas) de carga.
O porto de Paris é o porto fluvial mais importante da França: Cerca de 20,2 milhões de toneladas de mercadorias comerciais são movimentadas a cada ano, 20 milhões de toneladas desta mercadoria são provenientes do transporte fluvial. Há um projeto chamado Canal Seine-Nord Europe, para construir um canal de alta capacidade para conectar a região parisiense aos portos de Antuérpia, Dunkerque e Roterdã, para grandes navios de 11,5 metros (38 pés) de largura e 185 metros (607 pés) de comprimento.