Alguns processos biológicos ocorrem - ou podem ser simulados - por autômatos celulares.
Os padrões de certas conchas são gerados por autômatos celulares naturais. Exemplos podem ser vistos nos gêneros Conus e Cymbiola. As células de pigmento estão em uma faixa estreita ao longo do labelo da concha. Cada célula segrega pigmentos de acordo com a atividade ativadora e inibidora de suas células de pigmento vizinhas, obedecendo a uma versão natural de uma regra matemática. A faixa de células deixa o padrão colorido na concha à medida que cresce lentamente. Por exemplo, a espécie Conus textil, amplamente difundida, tem um padrão semelhante à regra 30 do autômato celular da Wolfram.
As plantas regulam sua entrada e perda de gases através de um mecanismo de autômato celular. Cada estoma na folha atua como uma célula.
Os padrões de ondas móveis na pele dos cefalópodes podem ser simulados com um autômato celular bidimensional, cada estado correspondendo a um cromatóforo expandido ou retraído.
Autômatos Threshold foram inventados para simular neurônios, e comportamentos complexos como reconhecimento e aprendizagem podem ser simulados.
Os fibroblastos são similares aos autômatos celulares, pois cada fibroblastos interage apenas com seus vizinhos.