Uma represa foi construída no século XIII no rio Amstel (é por isso que a cidade é chamada de Amsterdã). O antigo porto da cidade,
Damrak, é hoje uma das ruas mais movimentadas da cidade. A cidade foi pela primeira vez mencionada em
1275 pelo conde Floris V, conde da Holanda e Zeeland que deu ao povo de Amsterdã um pouco mais de liberdade. A cidade obteve seus direitos de cidade provavelmente em 1306; pelo menos logo após o ano 1300. A cidade se tornou um grande porto comercial muito em breve, com uma rota comercial bem sucedida para o Mar Báltico. A cidade cresceu rapidamente no século XV. Como a cidade está basicamente no pântano, os construtores da cidade tiveram que cavar canais para usar o terreno de escavação para aumentar o nível de vida. As casas eram construídas sobre postes de madeira, e os canais serviam como um esgoto primitivo bastante eficaz.
A cidade foi uma das primeiras cidades da Europa Ocidental a ser bastante democrática: Os cidadãos ricos escolheram os líderes da cidade. Amsterdã declarou guerra aos espanhóis em 1578, durante a Guerra dos Oitenta Anos. Quando a cidade de Antuérpia caiu para os espanhóis em 1585, muitas pessoas de Antuérpia fugiram para Amsterdã. Antuérpia era também uma grande cidade comercial, e quando seu povo se mudou para Amsterdã, eles levaram suas redes de comércio com eles. É por isso que Amsterdam se tornou uma cidade comercial ainda mais importante depois disso. Isto lançou a Era de Ouro holandesa. O número de pessoas vivendo em Amsterdã durante a guerra aumentou de menos de 30.000 em 1570 para mais de 100.000 em 1622. Esse número chegaria a 200.000 perto do final do século XVII, tornando a cidade uma cidade muito grande para seu tempo (apenas Londres e Paris também tinham essa quantidade de pessoas). No século XVIII, o número de pessoas que viviam em Amsterdã caiu de volta para 140.000, pondo fim à Idade de Ouro.
O século XIX foi a época dos primeiros trens e bondes em Amsterdã. O primeiro trem funcionou de Amsterdã a Haarlem em 1839. O número de pessoas estava aumentando, com cerca de 250.000 vivendo em Amsterdã em 1850, e mais de 500.000 em 1900. Amsterdam era uma cidade industrializada e pesada até então. Antes da Segunda Guerra Mundial, havia cerca de 140.000 judeus vivendo em Amsterdã. A maioria dessas pessoas não sobreviveu à guerra. Após a guerra, Amsterdã tornou-se um centro de tolerância e cultura; ser diferente não é anormal em Amsterdã. Espera-se que Amsterdã cresça 12,6% até 2025. A partir de então, ela abrigará quase 900.000 pessoas, e a área metropolitana abrigará quase 2,5 milhões de pessoas até então.