Alexandre o Grande teria acampado no local de Antioquia e dedicado um altar a Zeus Bottiaeus
Após a morte de Alexandre em 323 AC, seus generais dividiram o território que ele havia conquistado. Seleucus I Nicator conquistou o território da Síria e fundou quatro "cidades irmãs" no noroeste da Síria - Antioch, Seleucia Pieria, Apamea e Laodicea-on-the-Sea. Embora Seleucia Pieria fosse no início a capital de Seleucid no noroeste da Síria, Antioquia logo se elevou acima dela para se tornar a capital síria.
A cidade original de Seleucus foi desenhada em imitação do plano de Alexandria pelo arquiteto Xenarius. A nova cidade foi povoada por uma mistura de colonos locais, atenienses trazidos da cidade vizinha de Antigônia, macedônios e judeus (aos quais foi dado o status completo desde o início). A população total livre de Antioquia em sua fundação foi estimada entre 17.000 e 25.000 habitantes, não incluindo escravos e colonos nativos. Durante o período helenístico tardio e o período romano precoce, a população atingiu seu pico de mais de 500.000 habitantes (as estimativas variam de 400.000 a 600.000) e foi a terceira maior cidade do mundo depois de Roma e Alexandria. No século IV, a população em declínio de Antioquia era de cerca de 200.000, segundo Chrysostom, um número que novamente não inclui os escravos.
Antioquia tornou-se a capital e a cidade da corte do império ocidental de Seleucid sob Antioquia I, sendo sua contraparte no leste a Seleucia no Tigre.
Os romanos tanto sentiram como expressaram um desprezo ilimitado pelo híbrido Antiochenes; mas seus imperadores favoreceram a cidade desde o início, vendo nela uma capital mais adequada para a parte oriental do império do que Alexandria jamais poderia ser, por causa da posição isolada do Egito. Até certo ponto, eles tentaram fazer dela uma Roma oriental. O principal interesse de Antioquia sob o império está em sua relação com o cristianismo.
Evangelizados talvez por Pedro, segundo a tradição sobre a qual o patriarcado antiocheno ainda repousa sua reivindicação de primazia (cf. Atos xi.), e certamente por Barnabé e Paulo, que aqui pregaram seu primeiro sermão cristão em uma sinagoga, seus convertidos foram os primeiros a serem chamados cristãos (Atos 11:26).
Em 638, durante o reinado do imperador bizantino Heraclius, Antioquia foi conquistada pelos árabes muçulmanos durante a Batalha da Ponte de Ferro, e ficou conhecida em árabe como أنطاكيّة Antākiyyah.
Nos últimos anos, o que resta da cidade antiga romana e tardia sofreu graves danos como resultado da construção relacionada com a expansão de Antakya. Na década de 1960, a última ponte romana sobrevivente foi demolida para dar lugar a uma ponte moderna de duas faixas. A extremidade norte de Antakya tem crescido rapidamente nos últimos anos, e esta construção começou a expor grandes porções da cidade antiga, que são frequentemente bulldozadas e raramente protegidas pelo museu local.
