Sora e seus melhores amigos, Riku e Kairi, planejam deixar suas casas nas Ilhas do Destino para explorar seu mundo, mas seus planos são interrompidos quando seu mundo é atacado pelos Sem Coração; monstros que roubam o coração das pessoas. Durante o ataque, Sora se torna capaz de usar uma arma chamada Keyblade. Seu mundo é destruído, e Sora, Riku e Kairi acabam em mundos diferentes. Sora se une aos personagens da Disney Donald Duck e Goofy para encontrar seus amigos perdidos, e eles viajam para mundos baseados em diferentes filmes da Disney, incluindo Alice no País das Maravilhas, A Pequena Sereia, e O Pesadelo Antes do Natal.
Sora fica sabendo mais tarde que Riku tomou o partido da escuridão e raptou Kairi. Riku está sendo controlado por um Sem Coração chamado Ansem, que quer capturar mulheres e meninas que são Princesas do Coração para poder abrir Corações do Reino, o coração de todos os mundos. Sora resgata Kairi e Riku e derrota Ansem. Kairi volta para as Ilhas do Destino, mas Riku fica em Kingdom Hearts com o Rei Mickey para defendê-lo. O Kingdom Hearts desaparece então. Sora diz a Kairi que ele não voltará para casa até encontrar Riku, e parte com Donald e Goofy para iniciar uma nova aventura.
